根據中央流行疫情指揮中心二十日公布的疫調，專家諮詢小組召集人張上淳說，磐石艦上三名血清檢驗抗體呈陽性反應的感染者，其發燒日期分別為三月二十一日、二十三日、二十六日，應非帶病上艦而是艦上染感的說法，台大小兒感染科醫師李秉穎表示：「就是在帛琉感染。」
國內首見軍艦染疫，出航前指揮中心不知情
三艘敦睦艦隊船艦停泊帛琉的日期為三月十二日到十五日，磐石艦疫情爆發首三例的當天、四月十八日指揮官陳時中在中央流行疫情指揮中心說：「我們高度懷疑帛琉有潛在病例。」李秉穎認為，「間隔六、七天出現症狀非常合理」，直言「就是在帛琉感染」、「但是基於邦交國我們不好意思明說」。
台灣早從三月十九日起，所有民眾自國外入境後皆應配合居家檢疫十四天，外界質疑磐石艦四月十四日放人下船後竟就地解散。二十日指揮中心記者會上陳時中解釋表示，敦睦艦隊三月十五日離開帛琉後，未在公海與其他船隻接觸，雖然四月九日已停靠左營軍港，但基於指揮中心規定必須離港三十日才能入境，所以直到十四日才下船，已符合獨立三十天的規定，得以免除十四天居家檢疫。
但李秉穎強調，所謂三十天是「沒有疑似案例的前提下」，當船上軍醫已明知有人發燒，在疑慮沒有排除之前，根本不存在三十天就解禁的可能，「究竟是軍方誤解指揮中心的定義，還是因為關太久了所以通融一下」，是事後一定要追究釐清的重點，以免重蹈覆徹。
另一位指揮中心專家也表示，磐石艦的群聚疫情是繼法國戴高樂號、美國羅斯福號等各國航母潛艦染疫之後，國內首見的軍艦染疫，而二十日指揮中心也公開證實，艦隊出航前「指揮中心並未全程掌握」，外界也才知道，軍方之前所稱「事前也依據中央流行疫情指揮中心指導做評估及必要的調整」，只是行前自行參考、返航時才確實由指揮中心協助。
軍方擠牙膏式說明，一日澄清數次
該專家強調，軍醫局對各軍種防疫的管理向來神祕、與外界脫鉤，經此教訓，未來包括軍隊的防疫管理都應該納入中央指揮中心，而非由軍方自己獨立的系統指揮，中央流行疫情指揮中心開設後國防部人員也已常駐，但顯然國防部還是自外於國家防疫系統，才會在全民防疫的同時，海軍竟成為疫情破口。
而包括國防部和海軍司令部在第一時間，連十五日還是十四日就有人員下船，以及航程中究竟有多少人曾向軍醫求診，人數從二十日早上在立院講一套數字、再澄清到深夜的擠牙膏式作法，讓外界對軍方的防疫能力信心全失。由於事涉國家軍演、軍權甚至軍事機密的敏感問題，未來軍方這塊怎樣納入防疫，恐怕是磐石艦對此次疫情最大的教訓和貢獻。
李秉穎強調，不管是鑽石公主號或是磐石艦，艦艇都有空間狹小、接觸頻繁、沒有確診病患的能力等缺點，例如美國三月初曾派直升機空投檢驗試劑到舊金山外海的至尊公主號，目前包括美國疾控中心都已經對潛艦提出作業指引，就像當年SARS讓台灣提早做功課、超前部署這一次的武漢肺炎疫情一樣，武漢肺炎疫情過後，也將留給台灣很多未完待續的任務。
