陸軍下士洪仲丘2013年7月4日遭虐死案，桃園地檢署第二波起訴15名陸軍將校，包括陸軍269旅前旅長楊方漢少將、前副旅長黃天任上校等人，被依妨害自由等罪嫌提起公訴。陸軍下士洪仲丘2013年7月4日遭虐死案，桃園地方法院審理發現，管理禁閉室的陸軍269旅並未依法管理，依妨害自由等罪嫌，告發未被軍檢起訴的陸軍269旅前旅長楊方漢少將等人。桃園地檢署偵查發現，269旅發生與洪仲丘相似案件，遭關禁閉室長達17天，檢方就此部分3日偵查終結，依妨害自由等罪嫌將陸軍269旅前旅長楊方漢少將等15名將校軍士官提起公訴。
檢方指出，在偵查過程中發現，陸軍269旅禁閉室違反規定，將士官關禁閉室的個案相當多，其他禁閉室不依規定把士官關進禁閉室的違法情事也都比比皆是，這些部隊的軍官與幹部都觸犯了妨害自由的罪嫌，恐有超過百名以上的軍士官等人員將被偵辦。
起訴書中指出，洪仲丘案軍法轉移後，接辦軍事檢察官自動偵辦的案件，偵查發現，陸軍269旅的人事憲兵官郭毓龍中尉於2013年4月23日深夜11時進行夜間督導時，在旅部連102大樓新兵隊1樓寢室，查獲269旅機步2營營部連義務役劉姓下士班長在床鋪使用智慧型手機當場查扣，同時也查獲10多位志願役士官也使用智慧手機，最後經人評會未記過、申誡處分未執行悔過禁閉。
無視士官悔過禁閉停用 269旅旅長等人妨害自由
但1個月後的5月21日，深夜再次進行夜間督導，郭毓龍中尉在同地點再次查獲劉姓下士使用智慧型手機，再次召開人評會，但此時「國軍資通安全獎懲規定」己停用士官悔過禁閉處分，結果人評會通過將劉姓下士施以悔過17天的處分，此舉違反規定，並經旅長楊方漢少將等軍官簽核同意。
檢方偵查，劉姓下士遭楊方漢等15人施以法定申誡以外之悔過懲罰，並假借職務上之權力，將劉姓下士私行拘禁在陸軍269旅禁閉室長達17天，以明顯觸犯妨害自由罪嫌。
桃園地檢署依妨害自由等罪嫌，將269旅前旅長楊方漢少將、副旅長黃天任上校、參謀主任黃文啟上校、人事科代理科長戴子偉少校、憲兵官郭毓龍中尉，以及269旅機步2營營長周明裕中校、營部連長柯勇羽上尉、副連長賴威翰中尉、輔導長王冠杰中尉、排長游鎛瑜中尉、曾韋玟中尉、張雅雯中尉、張易暘中尉、陳建智中尉以及楊政偉士官等15人提起公訴。
