29日晚上，國民黨主席馬英九看著各縣市回報的開票數字不斷滾動，國民黨的版圖隨快速流失，心裡對「最壞情況」已經有底：行政院長江宜樺和黨秘書長曾永權必須去職。沒想到，情況沒有最壞，只有更壞，要求馬英九辭職的聲浪當晚便已湧現。在和幾個副主席「會商」後，馬英九探得的口風，竟一致暗示他勢必為選舉負最大責任，終至在隔日出現「一夜長考之後，決定辭去黨主席」的決定，意外讓黨內權力洗牌先於府院人事調整。
九合一選舉隔天近午，黨內透過慣用的「黨政人士」管道，釋出馬英九將辭去黨主席的訊息。消息曝光1個小時前，副總統吳敦義在回應媒體時，談及黨主席辭職可能涉及修改黨章的問題，透露馬、吳等人已對黨主席辭職的相關流程有過一番討論。
時序推回29日當夜，對黨魁大權不肯鬆手的馬英九面對選舉結果，仍決定依既定敗戰安排，第一時間由曾永權和江宜樺請辭負責。而副主席郝龍斌口頭請辭，看在馬英九眼中，不只是為敗選扛責，卻是暗示負責層級應該「更高」。
馬英九當晚也致電台中市長胡志強，試探觸及辭職負責一事，透露自己「絕不戀棧」。胡志強的回應並非堅決反對，而是建議他「不要馬上辭」。據幕僚透露，當時馬英九心中就預料黨內勢必仍有不滿聲浪，對辭去黨主席一事「有準備、沒確定」。
一向以媒體風向做為決策參考的馬英九，30日看到媒體一片批評他卸責的聲浪，自認情勢已難以挽回。當天上午，馬英九陸續和吳敦義、國安會秘書長金溥聰討論可能步驟，不到中午「黨政人士」便傳出馬英九決定辭職消息。
在馬英九辭職消息傳開後，有一說法指臨門一腳來自總統夫人周美青向馬英九示警，若不辭去黨主席，未來除了輿論批評外，連在黨內都會「天天被罵」，讓馬英九做出辭職最後決定。幕僚表示，馬英九在家中談話，外人無從得知，但「相信兩人不會沒談到這件事」。
馬英九決定辭職一事，由於只有少數核心高層掌握，加上代理人選、接任者遴選日程等尚待進一步討論，發言系統無法也無權證實。然而這種曖昧狀態卻讓位居代理第一順位的吳敦義成為新焦點，權力接班、2016話題浮上檯面，「逼宮」傳聞更甚囂塵上。
為釐清後續環節，馬英九在周一上午於總統府內召開府黨高層會議，商討未來府院黨人事佈局。1天內被輿論形容為「立於制高點」的吳敦義意外在會中當面向馬英九請辭副主席職位，讓馬英九大為錯愕，急忙慰留，卻仍遭到拒絕。
吳敦義堅辭副主席，並透過幕僚發佈訊息，並未讓外界認為他有意與馬同進退，反而被形容是「以退為進」，甚至與馬切割。但吳敦義出手卻引出新北市長朱立倫的表態，一番「不會逃避責任」的談話被解讀為正式對接班問題表態，吳、朱競爭浮上檯面，也讓馬英九處境更為尷尬。
然而辭職不代表釋權，為制衡提早浮現的接班鬥爭，馬英九在周二國民黨中山會報上演拉鋸慰留戲碼，說服吳敦義和郝龍斌留任，同時確定吳敦義代理黨主席。表面上，表態辭職的吳、郝，與胡志強、朱立倫暫時立於相同戰略位置，然而接下來的閣揆人事，以及即將展開的黨主席選舉，將宣告2016之戰已經開打。
