審計部一百年度中央政府總決算審核報告，司法院對於贓證物品管理系統功能未有效發揮，部分贓證物品置放庫房多年未妥適處理；法務部所屬檢察機關未落實執行扣押物沒收物控管作業，均涉有違失。追隨林鉅鋃委員調查，經立案102司調0050 向司法院、法務部、臺灣高等法院檢察署、臺灣高等法院等調取相關卷宗，多次實地履勘，發現贓證物之管理真是司法界最不受重視的一環。
訴訟程序中，對誰有利就該誰舉證( Actori incumbit probatio. )，這是拉丁法諺留下的定律。所以就民事訴訟言，有所謂「舉證責任之所在，敗訴之所在。」在刑事訴訟更是有所謂，未經舉證不能成為被告。(Non statim qui accusatur reus est.) 因此，證物是判決之基礎。
按刑事訴訟法第二六四條第三項：「起訴時，應將卷宗及證物一併送交法院」。但是常因法院空間有限，或無保管能力，拒不接收檢察官移送之證物。據臺灣高等法院檢察署102年5月21日檢總卯繳10209002680號函，目前仍有十一個地方法院未收受地檢署所移送之贓證物，核與刑事訴訟法第二六四條第三項卷證併送之規定不符。實際履勘發現，臺灣高等法院雖訂有「贓證物品管理要點」，惟各地方法院贓證物庫之消防設備、進出管制、門禁管制、監視系統建置，乃至贓證物之擺放、包裝方式、封緘方式、稽核表格等管理措施仍多所差異，而各地方法院亦均坦承臺灣高等法院或其分院未對該院贓證物管理業務進行稽核或督導。
同一贓證物在不同保管機關之保管字號不同，不但繕打建檔費時且勾稽不易，造成管理不便。刑事案件由警察偵辦、檢察官偵查、地院審理、上訴高院，每一個接辦單位對該向證物都自編一管理字號。各法院及檢察署對於贓證物稽核檢查項目不一，表格簿冊亦多所不同，無從對贓證物之保存與管理情形確實瞭解，易流於形式。收受次數愈多，保管字號亦愈多，同一贓證物貼滿保管字號。無論係由警察機關(或法務部調查局、站等)移(函)送地方法院檢察署，或檢察署移送法院，贓證物均屬相同，惟保管字號卻各異，不但基本建檔資料無從相互援用，倘贓證物數量過多，建檔與清點更是費時費力，且易形成建檔或盤點之誤差。而各法院對贓證物之稽核更屬雜亂，且欠缺上級法院對所轄地方法院之監督。
實際履勘發現，相同種類之贓證物，不同保管機關有不同之包裝方式，以扣案槍枝為例，有以透明袋包裝者(如臺灣新竹地方法院察署、臺灣新北地方法院檢察署『下稱新北地檢署』)；有以透明袋外再以牛皮紙袋或紙盒包裝者(如臺灣新竹地方法院、臺灣高等法院高雄分院)，相同贓證物因保管機關不同而有不同之包裝方式。包裝袋不但大小、材質各異，且重複密封，而倘為不透明包裝方式，更使法官必須拆封始得提示證物，存有諸多不便。目前新北地檢署所用證物袋，不僅係透明，且具諸多防弊功能，足供參採，司法院及法務部宜對現行贓證物稽核檢查項目與相關簿冊表格等進行檢討，並研議一般小型贓證物所用包裝袋是否均具新北地檢署所用證物袋特質，強化防弊功能。
長年以來的輕忽，部分院檢贓證物庫因陋就簡。贓證物庫經常設置於地下室，非但通風欠佳環境潮溼，且部分未有電梯可達，亦無適用之堆置遷動機具。部分單位連儲藏架都沒有，任意堆放於地面。甚至，扣案槍枝成把成串堆置於贓證物籃內。法務部曾編列相當金額，委託國科會專案設計無線射頻識別系統(RFID)作為槍枝管理，但閒置未用。大部分贓證物庫的消防設備都未考慮噴灑後對贓證物之損壞。一旦發生事故，消防水噴灑而下，恐怕所有跡證至此灰飛煙滅。曾前往台南地檢巡察三一九槍擊案證物，如此重要之案件亦未見特別保管。該案發生時陳水扁乘坐之紅色吉普車停留地下車庫，滿佈塵埃。該車所有人還曾主張返還扣押物。
任重事雜，能人多不願就。管理人力不足，多由書記官擔任，甚至有些法院還以錄事充任，能力嚴重不足。南區大型贓證物庫，安全警衛、出入登錄僅一人負責。甚至，吊裝大型贓物也賴書記官操縱叉式堆高機，違反勞動部相關安全規範。
此外，部分贓證物庫房距收發室與法庭，均有相當距離。管理置放與庭訊時提示證物，均極為不便。
履勘發現各院檢之贓證物庫，因案件眾多、偵審期間長，而贓證物品種類繁多，部分贓證物體積較大，諸如機器、製毒器具與半成品、假酒成品、半成品、事故車輛、電子遊戲機台…等，因而呈現空間不足情事。目前此等大型贓證物品均以全數扣押方式，且需待案件定讞核發處分命令後，始能進行處分。然部分贓證物之性質具揮發性或有毒性，造成保管上困擾與空間不足。其次，對於氣體的扣押，目前作法是將鋼瓶扣押保存，內裝氣體則洩放，惟在洩放前未對該氣體進行檢驗或鑑定。目前臺灣高等法院及臺灣高等法院檢察署尚無訂頒相關規定。
甚多毒品案件扣案的安非他命半成品均用大型塑膠桶盛裝堆存，散發強烈刺鼻臭味。吸食毒品的尿液亦大量逾期儲留，早已變質成醬油色「陳年老尿」。偽造肥料案件扣案以數十噸計之化學原料，變質劣化。竊盜扣案成堆銹蝕扭曲的自行車、盜拷光碟扣案之電腦與拷貝機、電子遊樂場之賭博機台，塵積散落，堆置如山。對於扣案之證物如何保留其可供作證之情狀，均未見具體作為。
司法院及法務部應共同研議相關扣押取證規定。必要時，可以清晰相片或錄影紀錄扣押證物之長、寬、高、重量、數量等，並附相關鑑定或跡證報告，其餘部分則在偵查或審判過程中，儘速處分、發還或銷燬，避免贓證庫房之堆積，節省管理成本。
依據刑事訴訟法，可為證據或得沒收之物，得為扣押。但沒收之扣押物，有喪失毀損之虞或不便保管的，是可以拍賣保管其價金的。若是沒有留存之必要者，不待案件終結，是可以由法院裁定或檢察官命令發還的。贓物也該發還被害人。但是，許多法院在結案之後贓證物並未發還。以彰化地方法院為最，裁判確定後逾十年未清理情形高達千件。更有許多案件在結案時，扣案之證物已破損不堪毫無價值，當事人也亦無意取回，各地院檢均未妥善處理。
為堆放大型或大數量之贓證物，各院檢單位聯合設有北中南三地大型贓證物庫。各大型贓證物庫均設有各院、檢使用專區，各自獨立管理與使用，派駐於各大型贓證物庫之管理人員，卻無從核對與稽催，僅負看守與清點責任，無實際管理權限卻負保管責任。而倘各贓證物之所屬承辦股疏未處分，平時或專案之業務稽核復未抽檢，將使各大型贓證物庫之堆積情形，日益嚴重。又大型汽機車若未妥適保管，不但使之價值減損，更將使生物跡證滅失殆盡，失去證明功能，甚至衍生後續損害賠償責任。
人民對司法的信賴，除了公正客觀的法官與檢察外，一個上軌道有秩序的司法行政也是基本的要素。當事人賴以釐清責任的證物因保管不善，不能發揮佐證效果；或是因案被扣押的物件，日久發還已毫無價值。這對當事人的傷害，不是案件終結就可因而結束的。類此看似支微末節，一般媒體也無法深入了解，但對司法威信的侵害卻是顯著而深遠的。政府有意改革司法，能對贓證物庫的管理缺是視而不見嗎 ?
