衛生福利部長陳時中高齡九十一歲的母親在十二月二十日過世，當時總統大選正如火如荼地進行中，隔天周六就是挺韓、罷韓高雄遊行大對決，身為獨子的陳時中既要忙輔選，又要忙母親的身後事，撐到一月十一日大選後的周一、十三日上午舉辦母親的吿別式。當天包括總統蔡英文、行政院長蘇貞昌、前立法院院長蘇嘉全都到場致意。
雖然陳時中非常低調、訃聞也是極少量地發出，但當天醫界還是總動員，各大醫學中心的院長不是親自到場就是擺滿花籃。陳時中早上還在二殯答禮，當天下午蘇貞昌就召開臨時院會，率全體閣員向總統總辭，雖然全被總統慰留。但陳時中忙的還不只這樣，連武漢肺炎的疫情都來尬一腳，牽動府院高層對內閣的人事布局。
去年十二月三十一日起，網路上就傳出武漢當地有疑似不明肺炎的疫情，當時謠傳是SARS再襲。疾病管制署當天在舉國忙著準備跨年倒數時就即時回應，強調已有掌握、正在查證。沒想到從此疫情就像滾雪球一般，大選完第一個上班日的周一，陳時中既忙告別式，也忙著簽名總辭時，武漢當地就已經一死。世界衛生組織（WHO）也在當天將此次檢出的病毒正式命名為「二○一九新型冠狀病毒」。
陳時中12月底生日，痛失慈母防疫優先
當時台灣早已啟動包括登機檢疫、發燒個案通報採檢等防疫措施。果然沒多久的下周一、二十日當天傍晚飛回台灣的班機，就出現境外移入台灣第一例。這位女台商在隔天被確診，同時也是全球第一例非中國籍的感染者。至此全衛福部上上下下所有防疫人員就再也沒有農曆年假，連陳時中都直接進駐疾管署上班，以便即時掌握疫情，就近溝通行政院。
一位熟悉衛福部高層人事安排的醫界大老表示，原本高層的規畫早在元旦前就已確定，陳時中將高升為行政院政務委員，部長一職則由現任次長何啟功出任。何啟功是國內第一位全職的臨床職業病科醫師，出身高雄衛生局長的他屬新潮流的陳菊人馬，這樣的人事傳聞早在元旦後就在衛福部內傳開。 （相關報導： 7天2片口罩夠嗎？陳時中：預估能讓105萬人買到，讓大家都有戰備口罩 ｜ 更多文章 ）
沒想到隨著疫情愈滾愈大，蘇貞昌和陳時中跳上防疫第一線，在沒有道理陣前換將的情況下，年後原本就要走人的陳時中變成疫情指揮中心指揮官。在安頓好專機返台的二百四十七人、超過二十四小時沒睡，開完安置記者會往行政院開會的轉場時，被問到人事去留，一臉耗盡的陳時中淡然地回答：「先做好這件事再說。」
