在行政院政策指示下，農地上非法工廠找到了就地合法的解套途徑，而這些非法工廠有一大部分位於特定農業區，即優良農地上，因政策指示即將消失，還可能波及周遭農地污染。官方總以「歷史共業」來合理化政策，但農地非法工廠合法化滋事體大，解不了歷史共業，反而可能製造更大的業。
非法工廠長期在農地上生產，廢水、空污沒有管理，究竟對緊鄰的農地作物造成什麼影響相關單位從未認真面對，彰化縣長魏明谷上周在內政部區委會審查農地變更案時說：「彰化縣農地每年流失30公頃，主要原因是違章工廠一直蓋，我雖然說彰南有違章就拆，但我沒有經費處理，這是現況。」
這段話立刻被區委會委員、政大地政系教授戴秀雄反駁：「只要用土地相關法令就足以將非法工廠斷水斷電，違章工章拆除也不一定要中央補助經費，縣府可以下令對方自行拆除，或代拆後要求廠商付費。縣府執法時沒有周全使用所有法令工具，如何相信有處理違法工廠的能力？」
非法工廠愈蓋愈多，歷史共業只是藉口
政府無法處理非法工廠問題，有些工廠規模龐大、財力雄厚，就乾脆來個就地合法，然後告訴大家，反正這些工廠也拆不了，不如就務實面對。2010年立法院三讀通過「工廠輔導管理法」修正案，增訂33、34條，解套方法是，如果非法工廠群聚面積已達5公頃以上，可劃定特定區變工業區。
面積較小的，2公頃以上、5公頃以下則可以個案申請變更成丁種建築用地。轉導期間到2017年止，先讓業者辦「臨時工廠登記」，獲得法令保護傘，不必受到區域計畫法、都市計畫法等規定，就是非法但不必受罰的意思。
結果2014年朝野81個立委提案，又再延長三年到2020年。這樣還不夠，民進黨高雄選區立委林岱樺等6位立委又於2015年提案要求，不必分別是不是低污染一律納管、臨登期限再延2 年，另外推動換證制度讓取得臨登的業者每五年可以換證，這等於讓非法永續經營，嚇得經濟部不敢答應。
這一切經濟部都推給1972年省主席謝東閔推動的「客廳即工廠」，指這是台灣經濟發展下的產物，這分明是藉口。因為區域計畫法1974年就修定了，區委會委員、農委會前水保局長黃明耀舉例：「彰化在1980年就公布非都市土地使用管制規則，合法工廠都已編定為丁種建築用地，現在沒編定的都是在之後蓋的。很可能是先以農舍蓋工廠，之後賺錢後在旁邊買土地擴大。」
戴秀雄說：「如果有人說有經營60年的非法工廠是歷史共業我不接受，因為沒有這種工廠。彰化縣1980年就編定完成，沒有事後擴編就沒有違法問題。」
連「特定農業區」都要就地合法
初步清查，符合前項可以編定特定區的非法工廠共有186處、546公頃，其中位於「特定農業區」有112處、311公頃、411家廠商。這部分陸續由縣市政府送件到內政部營建署，先將這些位於「特定農業區」的工廠地目變更為「一般農業區」，再輔導變成丁種建築用地，就能合法經營。 （相關報導： 賭博救失智？ 彰化推動長者賭博除罪化 ｜ 更多文章 ）
原本依內政部「特定農業區變更一般農業區原則」，只有面積超過10公頃才能辦理，但政策指示下也放寬10公頃以下可以變更。
