卸任前十天，馬英九總統批准了中研院長翁啟惠三月滯美期間的傳真辭呈，直接「手諭」三位副院長留任，並派副院長王汎森代理院長。馬英九批准翁啟惠辭呈同時，也以千字信函致翁啟惠，要求中研院儘速安排遴選名單上的三位候選人「來府面會」，以便他或下任總統（蔡英文）任命新任院長，此一形同「面試」安排，最快本周內即將進行，不論馬英九最終決定核定新任院長，或留下意見供下任總統圈決，都是幫蔡英文拆了炸彈。
民進黨對馬英九准辭翁啟惠的反應是：倉促決定恐有失周全、應該解釋為何從四月拖到五月？後者剛好解釋前者，從翁三月底請辭，到五月十日准辭，經過一個月又十天的考量，不可謂倉促；至於為什麼拖一個月？還需要解釋嗎？翁是因為浩鼎案滯美不歸而以傳真請辭，立刻批准，不是給了翁啟惠不必回台的理由？堂堂中研院長又豈宜以如此「倉惶」姿態請辭？這不但攸關翁的個人尊嚴，也攸關中研院的學術尊嚴。
翁啟惠返台赴總統府與立法院，說明浩鼎案，並參與院長遴選，讓中研院人事有一個基本結論，雖然遴選過程竟爭議不斷，先是候選人遭放話扣上「親中」紅帽子；繼而臨場變更投票程序，以利於特定候選人出線。結果，遴選名單之一的郭位聲明「台灣政爭如野草蔓延」，退出遴選；翁啟惠二度入府不談辭職，只能請假或休假，「以免人事動盪」，理由是他辭，三位副院副院長也得隨同他辭職，還要總統儘速確定院長人事，他可以「提前交接」。
中研院士鬧「分裂」，大學問家不懂民主程序為何物
已經進入司法程序的浩鼎案按下不表，先不談司法的無罪推定，翁啟惠的院士是終身榮譽；就院長人事而言，這就是過去一個月來，中研院與總統府的「大鬥法」，避免總統將權力之手伸進學術機關的馬英九，按兵不動，卻讓中研院焦躁不已，五月初，三十五位院士連署，以遴選之程序爭議，呼籲馬英九退回遴選名單；三天後，另一批四十五位院士連署，力挺評議會遴選程序沒有瑕疵，這是最高學術機關史無前例的「分裂」，中研院的大學問家們，恍若未覺自己鬧了多大的笑話！
第一，他們不知民主程序為何物，甚至對基本的議事規則認知都不足。任何遊戲規則都不能在競選人名單擺出來之後才變更，此其一，院士們不懂，問問雖非院士但同為評議員、且曾任大法官的法律學研究所所長林子儀，當知臨場修改投票辦法多麼不得宜，但是，顯然評議會沒問，林子儀也沒說，六十七位出席評議員，六十五人同意變更投票辦法。
第二，這些大學問家真的都不覺得不妥嗎？實情顯然不非如此，否則不會有這麼多爭議，乃至院士接受《聯合晚報》普查時，會感嘆「悶得要死，有苦說不出」，中研院的創院精神就是學術獨立、思想自由，是誰、什麼原因，讓他們面對「不妥不宜」竟「不敢不願」發出正確之聲？甚至中研院聲明為遴選程序背書時，硬是隱匿提案變更選舉辦法和修改投票程序文字的評議員名字，如果程序沒有瑕疵，有必要隱其名嗎？主導變更投票程序的評議員為何不敢、不肯為自己的主張和行為負責？
