台南運河承載大量的生活污水，特別是沿線的小吃攤排放大量的污水及油脂，讓運河水質持續惡化，台南市政府為解決污染問題，除既有的5座截流站及在運河周邊進行污水下水道接管工程外，再投入9200萬進行污水截流橡皮壩、總計28處的沿岸排放口截流工程，並在安平抽水站設置導流溝及撈污機，預計7月完工，將可阻擋40000到60000立方公尺的污水量，減少每日約4公噸的污染量排入運河，不但有效淨化運河，也能改善市民的居家生活品質。
台南小吃全台知名，運河鄰近的安平老街小吃店、商店林立，污水與油脂流入截流站，市府已挹注1600萬元，針對安平抽水站設置撈污機與導流溝，每日約改善6500立方公尺的浮游問題。
台南市長賴清德9日視察台南運河時表示，台南運河為著名的歷史水道，環境及景觀應受到重視，為提升運河水質、改善水岸景觀，市府規劃多項水利建設，例如運河星鑽計畫、運河遊船ROT等案皆已在進行中。
水利局長李孟諺表示，經治理後，運河的清澈度已有提升。未來將進一步針對運河沿線餐飲商店所排放的污水進行截流，持續辦理運河沿岸小型排放口及不明支管之檢查，讓運河周邊污水均導引至安平下水道系統，再進入安平水資源回收中心處理，以改善運河水質，實現運河航運及水清魚現的目標。
