針對台灣高等檢察署報告指其為名醫逃稅案關說，前法務部長、國安會諮詢委員邱太三晚間發出聲明，指他已向總統蔡英文表達，態度坦蕩磊落，但為不影響國安會運作，並強烈捍衛自身清白，他願辭職，願與相關當事人對質，願接受相關機關的調查，讓真相早日大白。
不過，邱太三在聲明中也痛批台高檢新聞稿，對他的事實認定、相關判斷有誤，多數部分與事實不符，他要表達嚴正抗議，「絕無利用職權或舊有關係試圖影響個案，僅係轉知當事人陳情。」
對邱太三向蔡英文請辭國安諮委，府方人士則說，蔡英文尊重邱太三的決定，也支持其捍衛清白的動作。多位黨政人士也說，大家都清楚，邱太三不僅不是會亂搞的人，事實上，邱在擔任法務部長時，還因積極捍衛檢察官的權益，遭不少司改人士質疑，反對特赦前總統陳水扁的態度，還得罪深綠，法務部長卸任後，邱根本也無意再任官，是蔡英文堅持，才到國安會就任，今天遭遇讓人很感慨。
邱太三在聲明中也舉出 「三個例如」反批台高檢新聞稿與事實不符部分，「例如，本人將陳情訊息轉知彭坤業前檢察長，隨後亦將當事人提供之書面資料，以通訊軟體方式提供給他。但該新聞稿卻稱陳情僅以口頭方式進行，顯然有誤。」「又例如，是本人主動向調查小組表示願接受調查，新聞稿也略過不提，企圖誤導社會。」
「再例如，陳情的當事人認為自己已經進行認罪協商多時，也接受公訴檢察官所提條件，但檢察官卻無故反悔不願履行認罪協商的協議，也不說明原因，因而對司法機關有不當揣測與聯想，才引起後續變化。本人為避免司法威信受傷，才向彭坤業前檢察長轉知相關陳情。但此報告刻意略過此過程，就逕自認定本人轉知陳情可能影響是否進行認罪協商之決定，顯然有誤。」 （相關報導： 被指涉入檢察長關說疑案 邱太三：僅依法轉知陳情，絕無介入個案 ｜ 更多文章 ）
邱也嚴詞反駁台高檢所控，指其轉知陳情，涉及檢察官對該案是否進行認罪協商知具體決定：「這個判斷顯然有誤。」「本人要強調，此議題的爭議在於檢察官該不該在認罪協商實質進行已三個月後又反悔，從來就不是該不該認罪協商。」「事實上，早在當事人向本人陳情前，認罪協商的討論就已經開始，台高檢新聞稿調查事實第11點也已提及此。本人只是轉知當事人陳情，也從未要求必須進行認罪協商。」
邱太三聲明全文如下：
有關台高檢的新聞稿，有關本人部分，對事實認定有誤、相關判斷有誤。本人要表達嚴正抗議，絕無利用職權或舊有關係試圖影響個案，僅係轉知當事人陳情，並聲明如下：
1.台高檢新聞稿有關本人部分，多處與事實不符。
例如，本人將陳情訊息轉知彭坤業前檢察長，隨後亦將當事人提供之書面資料，以通訊軟體方式提供給他。但該新聞稿卻稱陳情僅以口頭方式進行，顯然有誤。
又例如，是本人主動向調查小組表示願接受調查，新聞稿也略過不提，企圖誤導社會。
再例如，陳情的當事人認為自己已經進行認罪協商多時，也接受公訴檢察官所提條件，但檢察官卻無故反悔不願履行認罪協商的協議，也不說明原因，因而對司法機關有不當揣測與聯想，才引起後續變化。本人為避免司法威信受傷，才向彭坤業前檢察長轉知相關陳情。但此報告刻意略過此過程，就逕自認定本人轉知陳情可能影響是否進行認罪協商之決定，顯然有誤。
事實上，該報告第一頁即清楚寫明，曾通知被告辯護人兩位律師前來詢問，而本人在此事件中的角色，也只是轉知該陳情人的陳情訴求。該報告有關本人處僅佔極小篇幅，卻充滿謬誤，讓人遺憾。
2.台高檢新聞稿的調查意見判斷有誤
台高檢新聞稿稱本人轉知陳情「已涉及桃園地檢署檢察官對本案執行公訴蒞庭業務是否進行認罪協商之具體決定」，這個判斷顯然有誤。
本人要強調，此議題的爭議在於檢察官該不該在認罪協商實質進行已三個月後又反悔，從來就不是該不該認罪協商。事實上，早在當事人向本人陳情前，認罪協商的討論就已經開始，台高檢新聞稿調查事實第11點也已提及此。本人只是轉知當事人陳情，也從未要求必須進行認罪協商。
至於相關的事實認定及針對陳情事件的調查，應該屬於檢查機關權責，本人也從未干預。
台高檢所謂的調查報告，事實認定錯誤，自然導出錯誤的判斷。本人已於今晚向總統報告全案來由，亦向總統表達，本人態度坦蕩磊落，為不影響國安會運作，並強烈捍衛本人清白，本人願意辭職，願意與相關當事人對質，願意接受相關機關的調查，讓真相早日大白。
