日本與菲律賓啟動專屬經濟區（EEZ）及大陸礁層劃界談判，我國外交部最初以「予以肯定」回應引發各界質疑，不僅國民黨立法院黨團一周內召開2場記者會重批外交部喪權辱國，民進黨立法院黨團也稱支持外交部表達更強硬立場。不過，涉外官員表示，政府自日菲峰會全程掌握進展，並透過既有管道與日菲密切溝通，部分論調刻意忽略戰略背景，無異落入中國企圖分化台灣的資訊戰。
涉外官員指出，此次日菲啟動海域劃界協商，更大的戰略背景，在於因應中國近年持續擴張軍事活動，以及試圖在印太地區塑造對其有利的「新常態」（New Normal）。事實上，日本首相高市早苗5月28日在東京與菲律賓總統小馬可仕（Ferdinand Marcos Jr.）舉行首腦會談後，宣布將雙邊關係提升為全面戰略夥伴關係，並於聯合聲明中再次強調台海和平穩定的重要性。
該名官員分析，高市早苗積極推動升級版「自由開放印太」（FOIP）戰略，並持續強化與菲律賓、澳洲、印度及美國等理念相近國家的安全合作，成員涵蓋美國、日本、印度、澳洲「四方安全對話」（Quad），也逐步朝向提升聯合作戰能力與軍事互通性方向發展。而此次日菲強化合作並提升至全面戰略夥伴關係，核心目的均在於強化第一島鏈安全合作，及海上秩序維護能力。
日本內閣官房長官木原稔：日菲協議對第三國沒有拘束力
有關此次日菲就EEZ及大陸礁層劃界談判，外界擔憂恐衝擊台灣海洋權益。涉外官員表示，日本與菲律賓專屬經濟海域目前存在重疊區域，因此日菲雙方啟動劃界談判，主要是在處理彼此重疊海域問題，並非擴張各自主張範圍，更不涉及改變第三方權益。日本內閣官房長官木原稔日前就已明確表示，日菲協議「對第三國沒有拘束力」。
涉外官員強調，政府自日菲峰會即全程掌握進展，並透過既有管道與日本、菲律賓保持密切溝通，確認日菲未來協議談判過程及結果，均不影響我國依國際法及海洋法所享有的主權權利，也不影響我國與日本簽署的《台日漁業協議》，及與菲律賓簽署的《台菲漁業執法合作協定》等既有機制。
涉外官員：渲染政府喪權辱國與事實不符，與中國官媒論述高度雷同
對於中國海警局6月1日宣布在台灣以東海域依法開展執法巡查，並稱是針對日菲單方面宣布啟動劃界談判的必要行動。涉外官員分析，從中國央視旗下新媒體帳號「玉淵譚天」公布的示意圖，可見中國巡查範圍北至日本八重山群島、南至菲律賓巴丹島，顯示中國軍事及海上執法活動，已對第一島鏈形成全面性壓力，也更加突顯「台灣有事、日本有事、菲律賓有事」的現實意涵。
話鋒一轉，涉外官員指出，在中國持續派遣機艦於周邊海空域軍事威懾、試圖改變區域現狀之際，國內在野黨等部分人士，刻意將日菲啟動EEZ劃界談判，與台灣海洋權益直接連結，甚至渲染政府「喪權辱國」等說法，此類論調不僅與事實不符，也與中國官方及官媒相關論述高度雷同，客觀上形成相互呼應效果。
涉外官員強調，中國近年持續透過軍事威懾、海警執法、法律戰及資訊操作等多重手段，試圖塑造其對周邊海域擁有管轄權的假象。國內部分輿論若刻意忽略日菲強化合作的戰略背景，反而將焦點轉向攻擊政府，無異於落入中國試圖分化台灣社會、削弱民主陣營合作的資訊戰框架。
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