臺灣的地形有高山，加上河川短促，使得水難以集中以供人們使用。加上早期山坡地開發情形嚴重，沒有考慮到水土保持，讓河川及水庫淤積嚴重，影響集水區的保護。山坡地的開墾，意味著人類從森林資源中擷取資源，並影響到野生動物的生存。這樣的現象，與早期政府政策的推動及臺灣產業的發展有相當密切的關係。
在政府政策方面，由於1949年後大量榮民進入臺灣，政府為了讓榮民可以充分就業，鼓勵榮民開發山坡地種植水果，其結果使得山坡地原有的植被被大量墾伐。另一方面，政府對山坡地濫墾濫伐的執法赤字也是相當值得檢討的，許多山坡地遭墾伐後，取而代之的是漫山遍野的檳榔樹。政府政策的推展及執法的消極態度，使得臺灣山坡地水土保持的功能大受影響，並影響到集水區的功能及生態，而在山坡地開墾的過程中，也使野生動物的棲息地被切割而呈現零星化的現象。
此外，水庫的興建，是人類以人工的行為改變當地的水文，並影響到既有的生態圈。臺灣推動現代化的過程，讓產業往工業的方向推進，此等產業結構有賴大量供水來支應產業的存續。在天然儲水功能不佳的臺灣，師法日治時期建造水庫的經驗，興建大量的水庫來供給工業、農業及民生用水成為最好的選擇；但水庫的興建是大規模的工程，於興建水庫的同時，常會影響到當地野生動、植物的生存。如湖山水庫的興建可能對瀕臨絕種的八色鳥產生衝擊，就是典型的例子。
山坡地的開墾加上水庫的興建，可以反映出臺灣集水區管制的問題。山坡地開發下，使得上游流失的土石流入水庫，造成淤積，減少水庫的蓄水量，並縮短水庫的壽命。為了防止沙石進入集水區，就必須在河川建造攔沙壩。這些工程的建造，改變河川的自然形貌，讓河川呈現階梯狀，許多洄游性的魚類因此無法洄游產卵，讓這些魚類有瀕臨滅絕的危機。
既有法規的管制結構
水與人的生活有著相當密切的關係，非但影響自然生態，也與人文產業、經濟、社會、文化息息相關。在管制的理念上，應重視經濟效率、分配正義與程序理性，並以這樣的理念作為採行管制措施的正當化基礎。之所以產生以上的問題，與集水區的管制有密不可分的關係。集水區是一地理單元，以山嶺稜線為界，內承所有降雨並沿溪谷集中排出。在現有制度架構下，對山坡地及集水區的管制，水土保持法及自來水法擔任先鋒的角色。 （相關報導： 4月已移送法辦！大樹山坡地堆置營建混合物 環保局重罰地主6百萬 ｜ 更多文章 ）
自來水法是為了策進自來水事業的合理發展，加強營運的有效管理，以供應充裕而衛生的用水，加強國民生活環境、促進工商發達而訂定的。該法於1966年制定，並於1990年代歷經兩次微幅的修正，到了2000年之後則有十多次程度不等的修正，除了因應修憲後凍省的需求外，也加強水質水量保護區的規範內容。為了保護自來水水源，有劃定水質水量保護區的制度。在保護區內，禁止為自來水法第11條第1項各款所規定的行為，也可以依同法第12條要求建物或土地所有人拆除有危害水質水量的建築物或在土地上的所有物。因此受有損失者，也可以要求補償，而被劃定為水質水量保護區時，也可視限制程度減免土地增值稅、贈與稅及遺產稅，並可給予回饋費，甚至如因此必須遷徙，也會有安遷救濟金。實務上也因此就安遷救濟金的對象是誰產生糾紛，而請大法官做解釋，釋字第542號解釋中，大法官認為必須要有居住事實才可以請領。與自來水法具有類似立法目的的是飲用水管理條例，其管制結構與自來水法相似，設有飲用水水源水質保護區，並不得在該區域內為污染水源水質的行為。
