2016大選後，民進黨成為國會多數黨，處理國民黨的不當黨產儼然成為轉型正義的一部分，國民黨日前曾召開黨團大會，並指出前總統李登輝擔任主席時造成黨產427億元的虧損。對此，李辦辦公室主任王燕軍13日表示，李登輝在2000年卸任，但國民黨卻是拿2001年的財報來抹黑，他質疑國民黨沒有拿出真正資料，只想把責任推給李登輝；他也呼籲國民黨新任主席洪秀柱應清查歷任負責黨產的人。
國民黨3月10日的黨團大會上，由行管會主委林祐賢報告產黨事宜，報告中即指出黨產最高峰時曾達到918億，但因後來發生了亞洲金融風暴，當時的黨主席李登輝用黨產來協助企業紓困，還介入股市及房地產，因此造成黨產427億的虧損。
對此，根據《蘋果日報》報導，王燕軍13日做出回應，他表示，國民黨行管會公布的資料是2001年的財報，但李是在前一年2000年卸任，怎麼會用2001年財報來抹黑？他質疑國民黨並沒有拿出真正的資料，只是想把責任推給李。
王燕軍還指出，在李登輝任黨主席時，黨產事宜是交由劉泰英負責；繼任的連戰則是交由徐立德負責，「這些人都還在，可以一個一個找來問」，他呼籲國民黨新任主席洪秀柱應清查這些歷任負責黨產的人，不要讓特定的兩、三人背負罵名。
