文化部長洪孟啟20日在立法院接受備詢時，被問到前文化部次長邱于芸遭免職風波。洪孟啟表示，邱督導的3個單位都不敢上公文，怕羊入虎口。對此，邱于芸20日下午發表聲明，回批洪孟啟回應不實，並批評洪孟啟未審先判，誤導媒體和輿論。
邱于芸19日表示，自己16日在醫院檢查時，不斷收到文化部長洪孟啟傳簡訊要求面談，沒想到還在等報告時，就接到要求自行請辭的簡訊。洪孟啟20日在立院接受國民黨立委盧秀燕質詢時表示，邱于芸當天告知在醫院體檢，但送上來的假單卻是去花蓮公差，與事實有出入。
對此，邱于芸指出，自己在16日之前就提出下午到花蓮公差的假單，早上急診原本不需事先請，但怕被作文章就加請病假，但洪孟啟遲未批准。邱于芸表示，不懂洪孟啟拿此事作文章有何居心。她並質疑，同樣生病的洪孟啟，為何能在當天速簽批核免職公文？
至於洪孟啟「羊入虎口說」，邱于芸則表示，洪孟啟用這樣的字眼，指出邱在公文洩密案爆發後，常調閱文化部其他職員上簽過的公文，是否證實部裡早假設邱于芸是洩密者？邱于芸批評，難道無憑無據入人於罪是文化部的文化？她也質疑，政務次長為了了解和推動業務，為何不能調閱分管業務相闗公文？又是哪3位司長不向直屬長官上簽公文？邱于芸認為，如果要求部屬不能向直屬主管報告業務，顯然嚴重違反行政倫理。 （相關報導： 文化部會崩潰 洪孟啟：邱于芸督導單位怕送公文羊入虎口 ｜ 更多文章 ）
邱于芸並強調，自己遭免職後，政風單位正介入調查，但洪孟啟卻未審先判，並誤導媒體輿論，讓她深感遺憾與憤慨。邱于芸並強調，自己基於對長官的尊重，不願傷害長官，但比起長官她更注重真理。
