陳垣和陳寅恪都是當代極有成就、極富盛名的史學家，並稱為「史學二陳」。後來陳寅恪避地南方嶺南大學任教，陳垣一直留在北方，長期擔任私立輔仁大學校長和北京師範大學校長，所以兩人又別稱「南陳」與「北陳」。胡適曾說：「南方史學勤苦而太信古，北方史學能疑古而學問太簡陋，將來中國的新史學須有北方的疑古精神和南方的勤學工夫。能夠融南北之長而去其短者，首推王國維與陳垣。」法國漢學家伯希和也曾說：「中國近代之世界學者，唯王國維與陳垣先生兩人。」
陳垣（1880—1971）字援庵，廣東新會人。出生於藥材商人家庭。光緒十一年（1885）隨父親陳維啟（號勵耘，陳垣後來以此為齋名）到廣州經商，並於七歲那年入私塾讀書。光緒十八年（1892），得讀湖廣總督張之洞所撰寫的《書目問答》，眼界頓時大開。自言找到讀書門路，「就漸漸學會按著目錄買自己需要的書看」，次年就開始閱讀《四庫全書總目提要》。光緒二十三年（1897），赴京應順天鄉試，以八股文欠佳，榜發落第。次年設蒙館，任塾師，一面教讀，一面學八股文，迨八股學好而科舉已廢。光緒三十一年（1905）八月，陳垣與潘達微、高劍父、何劍士、岑學呂、謝英伯等人在廣州籌辦《時事畫報》，是為廣州有畫報之始，而且也是現代政治漫畫刊物的鼻祖，他以筆名，撰寫了大量反清的政論性文章。光緒三十三年（1907），陳垣曾在廣州振德中學短暫擔任教師，因其父患腎結石手術成功之故，因而對西醫產生興趣，暑假時考入由美國傳教士嘉約翰創辦的廣州博濟醫學堂。次年因不滿美國教師的傲慢無禮，與梁培基等廣州醫藥界名人共同創辦光華醫學院，自己也轉入該校，三年畢業後留校任教。主要講授生理學、細菌學、人體解剖學等課程。他也撰寫了不少醫學史和近代醫學知識文章，刊登在《醫學衛生報》和《光華醫事衛生雜誌》上。
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宣統三年（1911），陳垣參與創辦《震旦日報》並擔任副刊《雞鳴錄》主編。該報由廣州聖心天主教堂副主教魏暢茂資助，陳垣家居近天主教堂，他不僅與魏副主教是朋友，還由該教堂一法國神父介紹，前往上海徐家匯拜訪馬相伯，是為其與天主教接觸之肇端。民國成立不久，陳垣以革命報人之身份當選眾議院議員，並於一九一三年從廣州來到北京，參加了第一屆國會，從此定居於北京。而在一九一二年九月二十日，身為天主教士的英華（斂之，《大公報》創辦人）和馬相伯兩人聯袂上書羅馬教皇，呼請教廷派遣博學碩德之士來華，在北京創辦大學，「廣收教內外學生，以樹通國中之模範，庶使教中可因學問，輔持社會，教外可因學問，迎受真光」。但此興學計畫卻受挫了，英斂之乃於翌年秋季，在北京香山靜宜園創辦「輔仁社」（小型學校），收有各省教會中青年子弟數十人。「相與研討經史古文字外，兼及六藝」，「輔仁社」諸生須定期撰文，稱為「社課」。一九一六年英斂之出版《萬松野人言善錄》一書（按：萬松野人乃英斂之自稱），當時，陳垣有意致力於中國基督教史研究，卻苦於尋不到原本。當他閱讀《萬松野人言善錄》發現英斂之藏有部分明末來華耶穌會士著述時，立即寫信求借，兩人大有相見恨晚之意，陳垣說：「余之識萬松野人，因《言善錄》也」，之後他常至「輔仁社」與英斂之談史論文。一九一七年五月，陳垣在《東方雜誌》發表他平生的第一篇史學論文〈元也里可溫考〉，他在〈緣起〉云：「此輔仁社課題也。輔仁社者，英斂之先生與其門弟子講學論文之所。余嘗一謁先生，先生在示輔仁社課，中有題曰『元代也里可溫考』，余叩其端緒，偶有所觸，歸而發篋陳書，鈎稽旬日，得佐證若干條。」陳垣將二百一十卷、二百多萬字的《元史》通閱一遍，凡是提到「也里可溫」的全部錄出，並查閱了相關的筆記、典章、方志、碑帖。陳垣自學過蒙文，最終考訂出「也里可溫」，就是蒙元時代對基督教會人士的統稱，從而了結了數百年的一樁懸案，也使陳垣在中國史學界一鳴驚人。英斂之對於此文評道：「陳君初搜輯關於也里可溫之證據，作十二門，條理分明，論斷切當。僕一見之傾服無似，因亟為刊布。」因此從此也開啟了陳垣致力於史學的研究，這其中有著英斂之的功勞。
一九二五年三月，羅馬教廷租下北京李廣橋西街十號舊濤貝勒府為公教大學，校名沿用已停辦的輔仁社，先開大學預科一班，是為輔仁大學前身，由英斂之擔任社長（亦即校長），馬相伯、英斂之共同推薦陳垣擔任副校長兼主講教師。一九二六年一月，英斂之去世，臨終時以校務相託。因此陳垣就接任北京公教大學輔仁社社長，同年九月出任北京公教大學副校長。從一九二七年六月，北京公教大學改稱輔仁大學，陳垣兼任文學院中國文學系主任，後正式擔任輔仁大學校長。一九五二年，院系調整，輔仁大學與北京師範大學合併成為新的北京師範大學，陳垣出任新的北京師範大學校長，直至一九七一年六月二十一日去世，擔任校長長達四十五年之久，創下教育史上罕見的紀錄。
而一九二六年陳垣出版《元西域人華化考》，元朝將人分為四等：蒙古人、色目人、漢人、南人，書中西域人主要是指色目人，該書詳細闡述元代百年間西域色目人來華後吸收並傳播漢文化的狀況。譬如講元曲的貫雲石、詩人丁鶴年，他們都是西域人，但漢化後連名字都改成漢人的，你若只看名字又怎知他們是西域人呢？陳垣用了元朝六十家的文集來當材料，還引用其他史籍二百多種，他說：「我們研究歷史，不能只用史部的書，經部、子部、集部的著作都應加以利用。」該書開研究華化西域之先，材料豐贍，條理明辨，在中外學術界引起巨大轟動，蔡元培稱其為「石破天驚」之作。陳寅恪在序文中評論說：「近二十年來，國人內感民族文化之衰頹，外感世界思潮之激蕩，其論史之作，漸能脫除清代經師之舊染，有以合於今日史學之真諦，而新會陳援庵先生之書尤為中外學人所推服。」著名歷史學家、香港中文大學教授許冠三認為該書「論樸實，極類顧炎武；論簡賅；直逼王國維；論明白通曉；可敵胡適之。」
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說到陳垣與胡適的交往，據考證在一九二二年二月十九日以前他們就認識了。同年三月，北大《國學季刊》編輯部成立，胡適兼任編輯部主任。次年一月，《國學季刊》第一卷第一號正式出版，當時陳垣在《國學季刊》上相繼發表了〈火襖教入中國考〉、〈摩尼教入中國考〉、〈摩尼教殘經〉和〈元西域人華化考〉上半部。陳垣的這些論著，可以說和胡適的治學理念是相通的。在一九二六年七月二十四的胡適日記說：「作〈介紹幾部新出的史學書〉。今日作第一部書評，紹介援庵的《二十史朔閏表》。」至於一九二八年七月九日陳垣給胡適的信，說他前幾天收到胡適的《白話文學史》上卷，對於白話文他有和胡適相同的看法，信中說：「我以為『白話』『文言』對待的稱呼，根本要不得。所以十四年秋冬之間，寫了十幾段《白屋文話》，開宗明義，就把文言文底頭銜革掉，正其名曰古話文，一名鬼話文；而白話文底名稱，也改正為今話文，一名人話文。又把周秦人底鬼話文，稱為道地鬼話文；漢代以後的學著周秦人底鬼腔所寫的鬼話文，稱為藍青鬼話文。從前那些鬼話文家，搖著頭說，『文運古盛而今衰』，無非鬼話越學越藍青，一代不如一代而已。至於人話文，卻斷然是文運古衰而今盛。先生以為何如？」兩人在白話文的立場，可說是趨於一致的。而在五天前（七月四日）陳垣給胡適的信談及他完成《史諱舉例》八篇，並將敘目寄給胡適。他自言：「意欲為避諱史作一總結束，而使考史者多一門路、一鑰匙。」「研究避諱而能應用之於校勘學及考古學者，謂之避諱學。避諱學亦史學中一補助科學也。」
一九三二年八月二十一日陳垣搬到米糧庫胡同一號，和早在一九三０年十一月二十八日攜眷北上，定居米糧庫胡同四號的胡適成了鄰居，一直到蘆溝橋事變爆發有近五年的時光。雖是鄰居，但他們還是以通信為主。在《陳垣來往書信集》增訂本中，收錄了陳、胡兩人來往書信三十六通，寫於這一時期的有二十四通，占了大部分。何以故呢？陳垣的孫子陳智超說：「他們都是忙人，很難抽出完整的時間，來作長時間交談，而他們討論的問題，又不是僅靠電話就可以說清楚的。用寫信的方式，正可以彌補上述兩種方式的缺憾，既可以見縫插針，抽出零碎的時間來寫信，又可以把電話中說不清楚的問題談清楚。」
一九三三年初，陳垣的朋友、法國漢學家伯希和來華。二月十二日，陳垣以北平著名的譚家菜宴請伯希和，前一天便致函邀請胡適作陪。陳垣在信中說：「豐盛胡同譚宅之菜，在廣東人間頗負盛名，久欲約先生一試。明午之局有伯希和、陳寅恪及柯鳳蓀、楊雪橋諸先生，務請蒞臨一敘為幸。」在多次宴請中，有次胡適在席間說道：「希望嗣後研究中國學問，需中外學者合作，以補以前各自埋頭研究之缺憾，即使世界了解中國文化之真價值。」其實早在一九三一年九月十四日胡適日記說：陳援庵先生曾對我說，「漢學正統此時在西京呢？還是在巴黎？」我們相對嘆氣，盼望十年之後也許可以在北京了！在當時的知識份子中有這種「奪回國際漢學中心」想法的不止陳垣一人，還包括胡適、傅斯年、陳寅恪等人。
一九三四年九月十一日胡適日記說：「陳援庵先生囑作他的《元典章校例》序，我久已許他了，今早他送校樣來，我細讀一遍。」陳垣的《元典章校例》（一九五九年重印改名為《校勘學釋例》）並提出「校法四例」，第一種是對校法，此法最簡便，最穩當，純屬機械校法。其主旨在校異同，不校是非。故凡校一書，必須先用對校法，然後再用其他校法。第二種是本校法，即以本書前後互證，抉摘異同，辨別是非。惟此法只能發現矛盾，提出問題，而不能解決問題。第三種他校法，以他書校本書。此等校法，範圍較廣，用力較勞，而有時非此不能證明其訛誤。第四種理校法，遇無古本可據，或數本互異，而無所適從之時，則須用此法。此法須通識為之，否則鹵莽滅裂，以不誤為誤，而糾紛愈甚矣。胡適說：「我在這二十年中，也做校勘的工夫，但都是『活校』居多，夠不上科學的校勘。近六七年中，我才漸漸明白校勘學的真方法被王念孫、段玉裁諸大師的絕世聰明迷誤了，才漸漸明白校勘學必須建築在古善本的基礎之上。陳垣先生用元刻本來校補《元典章》董康本，校出訛誤一萬兩千餘條，缺文一百餘頁。這是最明顯的例子，所以我發憤為他寫這篇長序，重新指出校勘學的方法真意。這也是我自己糾謬之作，用志吾過而已。」
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一九三七年八月北平淪陷，輔大奉教部密令，沒有遷移仍留北京八年。陳垣相繼寫出了《明季滇黔佛教考》、《清初僧諍記》、《南宋初河北新道教考》、《中國佛教史籍概論》等著作。陳寅恪為《明季滇黔佛教考》作序，說是書之特點為「以（清初僧人）語錄入史，尚是作者初次嘗試，為前此所未有。」《南宋初河北新道教考》是講在金人佔領下的北方人民如何生活和他們反抗金人的歷史。陳垣的得意弟子柴德賡說：「這些書名義上是宗教史著作，而講的內容卻都是政治史，他是通過宗教史形式來講政治史的。」而最能體現陳垣深明大義、崇尚名節思想的著作，則是《通鑑胡注表微》。宋末胡三省（1230—1302）對《資治通鑑》進行了校勘、注釋和考證，形成了《通鑑胡注》一書，陳垣所著的《通鑑胡注表微》，是將長期被歷史埋沒的胡三省的生平、抱負和學術思想公諸於世。陳垣自言當時寫此書的心情云：「同人同學屢受迫害，我自己更是時時受到威脅，精神異常痛苦，閱讀胡注，體會了他當日的心情，慨嘆彼此的遭遇，忍不住流淚，甚至痛哭。」這書費時三載，用以正人心、端士習，不徒精密考證而已，是陳垣所撰之最後一部專著。
