ECFA 一開始困難重重，反對質疑聲浪高，台灣社會各界並不看好。2008年全球金融海嘯衝擊，馬政府憂心台灣經濟在「東協加一（中國）」、「東協加三（中日韓）」及 RCEP（區域全面經濟夥伴協定）被邊緣化，於是在2009年快馬加鞭籌劃 ECFA，不料，遇到八月莫拉克颱風侵襲，以及達賴喇嘛來台事件，兩岸關係一度緊張，致使 ECFA 的協商前景充滿不確定性。
當時，賴幸媛把 ECFA 定位為「小而必要的經濟協議」，而不是「大而全面開放的自由貿易協定」，但在初始階段，我方經濟部門卻是將 ECFA 定性為如同「東協加一」的 FTA。
在2009年初，賴幸媛透過媒體為文定調〈兩岸經濟協議不是萬靈丹〉，不是全面自由化的 FTA，未來，ECFA 的協商不會讓中小企業、傳統弱勢產業與農漁民受到衝擊，且要讓他們受惠，也絕不會開放大陸勞工來台工作。陸委會主委、副主委及局處長總動員，輪流、頻繁地下鄉，全台走透透，與基層民眾直接溝通，盡量化解民眾憂慮；陸委會官員在廟口用方言開講，親切態度誠懇感人；也在全台許多電台和校園大量宣導，逐漸獲得了民眾的認同。即使在蔡英文所領導的民進黨反對 ECFA 的各種行動下，一年多來歷次 ECFA 的民調支持度，遂能緩步上升，到2010年6月底將簽署時，社會上已有6成多的支持率。
馬英九說溜了嘴
陸委會堅持 ECFA 是「小而必要的經濟協議」的策略，以及「有助於中南部弱勢產業、農漁產業及中小企業」的定調，和經濟部的想法不一樣，但最終獲得了總統馬英九、副總統蕭萬長、行政院院長吳敦義的高度認同與支持，於是成為我方協商 ECFA 的重要原則。在你來我往的雙邊賽局中，最後階段也成功說服了陸方，在早收清單中反映出中南部傳產、中小企業、農漁產業的需求，要讓基層民眾先受益。如此，ECFA 終能成局。
2010年初，雙方開始進入緊鑼密鼓的 ECFA 協商階段，「管道」開始發揮了實質功能。經雙方高層拍板，陸委會與國台辦是政治與政策單位，負責統籌與協商總體文本，包括序言、架構、體例等，而經濟部和商務部是業務單位，負責早收清單貨品等項目內容，雙方逐步加速談判進程。而且部分重要早收清單項目，是由陸委會透過協商促成。
這個「管道」向來都是機密地進行，但有一次馬英九總統主持兩岸小組會議時不小心說溜了嘴，在討論 ECFA 主結構的條文時，冷不防地提及：「幸媛，你透過你們陸委會的管道去處理。」在場的人全都聽懵了，陸委會哪來管道？應該是海基會的管道吧？
巧合的是，那次海基會董事長江丙坤有事缺席，由副董事長兼秘書長高孔廉代表與會，耳尖的老高當然也聽到了。賴幸媛當場很詫異，馬總統怎會在會中公開提及陸委會這個隱密的「管道」呢？ （相關報導： 翁履中觀點：美中溝通各有盤算認清現實比選邊站重要 ｜ 更多文章 ）
會後，高孔廉繃起了一副撲克臉，找了陸委會主任秘書兼海基會副秘書長的張樹棣，發了一頓很大的脾氣，追問說：「兩岸管道是海基會與海協會，怎麼是陸委會與國台辦？這到底是怎麼回事？」不知情自覺無辜的張樹棣當場被老高「洗了一把臉」。為此，賴幸媛寫了一紙便條，拜託馬總統：「以後千萬不要在兩岸小組會議中講到『陸委會管道』了。」
