如果說空軍軍官學校畢業的學生當中，真正有投共想法的還是少數，那麼飛行士校的畢業生對政府而言更是要加倍提防。雖然同樣都是飛行員，且原本是飛行士官的飛行員到了抗戰末期也都轉正成為了軍官，但是卻還是難免遭到空軍官校畢業生的歧視，乃至於政府或軍方的差別待遇。這是為什麼投共的飛行員當中，有相當大比例來自於由飛行士校畢業生組成的第11驅逐大隊。
爭奪接班人的派系之爭
空軍叛逃的飛行員人數還是相當稀少，陸軍的情況則更為複雜。在1949年大陸撤退時，手握台灣軍事大權的兩人分別為東南軍政長官陳誠以及台灣防衛司令孫立人，他們都是對日抗戰的英雄，也是100%效忠蔣中正的嫡系將領。不要忘了自1948年徐蚌會戰失敗後，蔣中正已辭去了總統大位，接替他出任代總統的李宗仁又逃亡到了美國，因此中華民國的實際元首為行政院長閻錫山。
不過因為晉綏軍的主力沒有跟著來到台灣，手中沒有部隊的閻錫山難以與效忠蔣中正的陳誠、孫立人對抗，才讓蔣中正有了在1950年3月復行視事的機會。等到韓戰爆發，美國重新對蔣中正伸出援手以後，台灣的局勢已定，孫立人與陳誠對蔣中正的重要性逐漸降低。隨即掌握警總、情治以及政戰體系的蔣經國為了爭奪接班人的地位，開始向孫立人與陳誠兩大抗日反共功臣開刀。
許多隨政府來台灣的前「偽軍」和前「共軍」，突然搖身一變成為蔣經國整肅孫立人和陳誠的爪牙。其中孫立人因為與美國關係好，讓蔣經國逮到了整肅的理由，以郭廷亮案為契機將他軟禁到李登輝在90年代上台以後才重獲自由。陳誠則因為身居行政院長高位，又是蔣中正的浙江同鄉且作風小心謹慎，令蔣經國難以找到下手的機會。
可是等到陳誠在1960年過世後，蔣經國立即把目標對準了「土木系」將領中戰功最彪炳的胡璉將軍，把他外放到西貢出任中華民國駐越南共和國大使。胡璉一度差點遭越共殺害，雖然最後平安回到台灣，卻也因此失去了在部隊裡的影響力，直到1977年病逝為止。許多孫立人與陳誠的舊部，因為受到政治牽連的關係，對蔣家父子尤其是蔣經國同樣有相當程度的牴觸情緒。
當然蔣經國對孫立人與陳誠的舊部也不是只有迫害，他同樣也拉攏了一批人成為自己的骨幹。比如與胡璉併列為「土木系」名將的高魁元、曾獲孫立人提拔的郝柏村還有中美空軍混合團出身的飛行員郭汝霖，都因為站對邊的關係得到經國的重用。也因為這個原因，今日陸軍的主體嚴格意義上仍是由孫立人跟陳誠的部隊演變而來，很難說這兩個體系的人是絕對的擁蔣或者反蔣。
