「全國國土計畫」是我國空間規劃上最上位法定計畫，行政院於4月26日審議後，內政部於30日公告實施同時公開展覽90日。由於行政院審議過程沒有對外公開，被環保團體質疑是黑箱作業；今（23）日地球公民基金會、環境權保障基金會、台灣環境資訊協會趕在公展期限前公開遞交全國國土計畫異議書，行政院方派交通環境資源處副處長吳政昌代表接下。
內政部擬定「國土計畫」草案後，經辦理公展、召開公聽會和審議委員會後，於今年3月通過送行政院審議，行政院4月26日審議後，內政部在30日公告實施同時公開展覽90日。期間有關行政院國土計畫審議委員會的委員組成、開會時間、會議記錄皆未公佈，審議會後原有286頁的內容刪減到剩下116頁，環保團體認為刪減後的國土計畫在程序和內容上皆存在許多瑕疵。
地球公民基金會執行長李根政表示，經其團體行公文後才終於獲得行政院之會議紀錄，檢視會議紀錄發現，除了主席張景森認為應將計畫草案精簡至100頁以外，並沒有哪位政務委員表達國土計畫應該縮減的意見。
環境權保障基金會專職律師郭鴻儀指出，全國國土計畫之制定依法由內政部擬訂審議、行政院核定，然而在國土計畫法第12條可見，整個制定流程中僅在可計畫擬訂時有公民參與的空間，行政院內部核定過程則未有開放公民參與的程序。
郭鴻儀進一步提醒，國土計畫法第8條規定「直轄市、縣（市）國土計畫，應遵循全國國土計畫。」，然行政院審議會卻將其定義為不具法律強制力的「行政指導」，此舉將大大減損全國國土計畫的法律地位。而在內容瑕疵的部分，地球公民基金會山林國土組專員吳其融提到：政院應協調全國國土計畫與部門計畫關係、農業生產環境維護策略等內容皆遭刪除。
此外原草案中，只要符合「土地面積完整達25公頃，農業使用面積達80%之地區」，就可劃設為農業發展區第一類，在公告實施的版本中變成需要同時符合「投資重大農業設施或者劃設為農產業經營專區」與前項條件，否則就會被劃為第二類。吳其融擔憂，劃設為農業發展地區第一類的面積將大幅縮減。
三環團今對於上述疑義遞交異議書，要求行政院調整相關程序瑕疵和課責；並將國土計畫審議會改為常設型，納入學者專家與民間團體共同參與；還有修改較嚴苛的農業發展區第一類條件、政院應協調各部會等條款。
