10月16日，蔣介石接見克萊恩表示，他珍惜與甘迺迪如此坦誠交換意見的私人管道，希望維持其隱密性。[49] 在臺美交涉的最後階段，蔣介石將葉公超排除在外，也不讓沈昌煥知情。得知政策改變後，隔洋在外的沈昌煥請辭，[50] 10月18日，蔣介石對其解釋：「吾人所希望澈底消除『兩個中國』之陰影，與鞏固我在聯合國地位之主要目標，對方於此皆照吾人所要求者誠意實施，則我亦應以誠意應之，對外蒙古入會問題，決改變原定計畫，不作否決之準備。」[51] 4小時後，蔣介石再向沈說明「此次外蒙古否決政策之變更，乃與我原有目的並不相背，以當時冀於美方『兩個中國』政策無法消除，且對我代表權亦無保障，並不表示合作，故不能不作我寧為玉碎與破釜沈舟之決心。今美既有澈底改變其政策之決心與行動，故我為達成國家基本目的，與保持中美國交關係，乃亦不能不有此一改變。其對國家言，否決外蒙古事小，只可作為手段，而打破『兩個中國』陰影，確保聯合國席位，加強我政府為代表中國之唯一合法政府的地位，乃為我之最大目的。」[52] 10月19日，蔣介石自記「最後卒能依照預定方針實施無誤，其大部關係在於經國，克萊恩二人合作之力也，竟使此一已成失敗之局卒得轉危為安，感謝上帝保祐不忘。」[53]
10月25日下午，安理會表決外蒙古入會案，蔣廷黻奉命離席不投票，結果9票贊成，美國1票棄權。蔣廷黻宣示國府仍然認為外蒙古「完全無資格入會」，不使用否決權完全是應「非洲及其他地方很多友邦」的請求。[54]12月15日，聯合國大會表決「重要問題案」，以61票贊成，34票反對，7國棄權，通過第1668號決議，非洲12個法語國家都投票支持。[55]
綜觀1961年外蒙入會案，蔣介石因廢除《中蘇友好同盟條約》而不願承認外蒙古是「獨立國家」，真正原因是擔心美國立場轉變，允許外蒙入聯是承認中共的先聲，為中共進入聯合國鋪路。蔣介石本來就對美國立場充滿疑慮，甘迺迪競選時主張撤退金馬，當選後又提出「兩個中國」來解決代表權問題。而美國改變對外蒙入會案態度，又試探美蒙建交，完全事先不與蔣協商，反而向他施壓，蔣終於不堪侮辱而大爆發。
對於甘迺迪新政府，蔣介石以破釜沉舟的決心，對外蒙入會案實行否決權，不惜退出聯合國，然後步步為營，先是迫使美國終止與外蒙建交，和承諾對外蒙入會案棄權，繼要求美國公開承諾以否決權阻止中共入會未果，最後透過體制外的管道，取得甘迺迪的祕密保証。從一個弱勢地位，蔣介石以「寧為玉碎，不為瓦全」的自殺姿態，將臺灣推到懸崖邊緣，迫使甘迺迪斷絕「兩個中國」的任何安排，維持對中華民國的全力支持。以當時的臺美關係看，蔣介石在外交策略上是成功的，難怪他在年終反省錄中說「對美與聯合國代表權及偽蒙入會等問題，乃為我國十年來最激烈，最艱難的，亦是最大或是最後的一次。經過本年這一鬥爭，或將步入較能寬緩之地步乎？」[56]
