慈濟基金會於2005年，向北市府申請變更內湖保護區土地為社福用地，由於園區內將蓋10樓建築，保護區的大規模開發恐將影響水土保持和居民的安全，引起當地居民和綠黨的強烈反對，和慈濟進行長期抗爭。
台北市政府在慈濟提出土地變更案後，成立專案小組進行討論，期間共經歷8次專案會議，以及2次送交北市都市計畫審議委員會大會闖關，然而最後都遭到退回和要求補充討論。在爭議多年後，北市府在前任市長郝龍斌卸任前決議，將內湖慈濟開發案納入內湖通盤計劃案內進行檢討，預計3月初將召開第一次大會，屆時由副市長林欽榮擔任主委，將在會中討論內湖通盤檢討計畫案。然而台北市長柯文哲在去年11月表示反對，他認為，台北市人口不會再增加，不需與自然爭地。
慈濟內湖開發案恐釀淹水災害
開發案所在位置為水土保護區，為環境敏感地帶，加上被順向坡環繞，一旦開發園區蓋大樓，可能影響到山坡山腳的水土保持，萬一發生土石流或地震，可能會釀成土地崩塌等重大災害。而該開發案也屬谷地集水區，若發生豪雨，上方2條溪流的水將往下方的大湖傾瀉，但園區大樓可能使排水受阻，反而讓水往上游以及兩旁的街道民宅氾濫。
居民會強烈反對的另一個原因，是過去納莉以及溫妮2次風災均造成當地重大淹水，損失慘重，因此居民對水土保持也相當重視，對水患更是戒慎恐懼。
然而支持開發的一方卻認為，開發案會構建新的排水系統、滯洪池等，若發生豪雨不會有釀災的情況，還能讓當地淹水高度降低2公分。
內湖保護區解編 恐開惡例
依規定，保護區內不得有大量體的建築以及大面積開發，然而慈濟並無意縮小建築量體以及開發面積，並提出該開發案為「善經濟」的主張，表示保護區可作為「社會福利設施使用」，承諾會將現有柏油路挖除，改設置樹林、草地、生態湖，對內湖排水以及生態教育有所貢獻，所以應解編保護區。
開發案以《都市計畫法》27條第1項第3款闖關，但該法適用於國家經濟建設，慈濟蓋大樓非經濟發展，屬社會福利，被質疑不符合規定。環團質疑，若是社會福利可解釋成與經濟國防相關，未來任何建商或是基金會也可以援用此例解編保護區，影響其他保護區的生態和未來。
環評爭議 支持與反對方各執一詞
開發案是否得接受環評也是兩方爭議的焦點，《開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準》第4條第9項規定，園區位於山坡地，面積超過1公頃就必須進行環評，該開發案的20筆土地全部在山坡地，總面積為4.48公頃，依法符合環評要件。
然而慈濟卻主張，慈濟開發場地屬文教設施、環保事業，依據《開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準》第4條第11項，整體開發面積低於5公頃以下，依法不必環評。
1998年大湖里居民曾舉辦公投，不贊成變更開發，然而慈濟卻不斷尋求管道變更，園區開發案也就因此延宕多時，若3月委員決議不宜開發，內湖慈濟案就將等同於宣告失敗。
