台灣房地產稅制的兩大問題，一是將房與地分開計價課稅的「房地分離課稅」，二是用政府公告的公告地價、公告現值、房屋評定現值作為課稅依據的「非實價課稅」。
由於國父於三民主義中強調「漲價歸公」，因此土地增值稅被寫入《憲法》之中。然而原先用以遏止私人獨吞漲價利益的美意，卻為成某些投機者的避稅小門，財政部長張盛和於房地合一座談會便曾說過，「房地分離」制度造成部分營業人將成本灌在房屋上，卻把所得灌在土地上，用以規避所得稅。
此外，明載於《憲法》內的土地增值稅卻也成為最大的稅改障礙，過去財政部曾5次試圖推動房地合一稅，但都因修法問題鎩羽而歸。
另外，早年由於市價變化不易察覺而使用政府公告的地價、現值及房屋評定現值來課稅，但國家長期使用遠低於實際市價的稅基來課稅，造成稅損，而在同年買賣的土地則因土地公告現值1年評定1次而根本課不到土徵稅。
畸形的課稅方式不僅造成稅損，更因房地產交易成本低廉，投資客肆無忌憚地短期炒作房地產。房價恨天高的結果，房產稅制度難辭其咎！
