指揮中心自6月7日起公布接種新冠疫苗不收掛號費，但引發基層診所反彈，對此，台北市長柯文哲認為，中央要跟進北市打疫苗免收取掛號費，但連大概要給多少錢都沒規劃。
柯文哲表示，他認為中央一開始根本沒有這個規畫，北市是因為實務的認識才決定，因為以前打疫苗要給100元處置費、40元行政費，每個醫院自己再收掛號費。
不過柯文哲說，他到第一線去看，發現台大醫院沒收掛號費就直接處理，後來發現像台大醫院還禁得起不收掛號費，但不是每個醫院都可以不收，之後到台北市醫師工會商量，既然疫苗一定要打，每個醫院收費不一樣，反而造成民眾困擾，不如大家商議一個價格。
柯文哲指出，當時就說除了100元處置費、40元行政費，其他掛號費就統一價格再加100元，等於診所打一劑240元，這包含所有耗材及人事費，醫師工會也覺得合理，所以就這樣執行，因此北市除了中央給的140元，再多給100元，就讓整個行政流程變快。
柯文哲提到，以前打疫苗要先掛號，然後再去看診，但其實如果有造冊，來就可以直接接種，不用再多一個掛號程序，流程速度也比較快，中央要跟進的話，他們大概連要給多少錢都沒規劃，乾脆講清楚，如果預算沒有編就趕快挪，簡政輕稅是原則，既然每個人都要打疫苗就算一個統一的數字給診所或醫院，這樣就好了。
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