台北地檢署28日傍晚再次偵訊前陸委會副主委張顯耀，並傳出張顯耀疑似透過助理洩露兩岸航權談判機密給對岸官員。兩岸決策官員表示，年初張顯耀負責「兩岸協議成效與檢討會議」，雙方確實觸及陸客中轉和延遠權等議題；但兩岸航權的實際談判一向由「海空小兩會」進行，而實質結果更取決於兩岸航空業者的角力，主控權根本不在陸委會手上；若質疑張顯耀洩露談判底線，「恐怕是張顯耀對機密的敏感度不夠」，因而觸法。
追查張顯耀洩密案，北檢28日偵訊、搜索雙管齊下，除赴張顯耀住家搜索可疑文件外，28日傍晚更進行長時間偵訊，直至29日凌晨二時才無保飭回。訊後傳出檢方懷疑張顯耀指示副主委辦公室女秘書傳真機密公文給台商，再轉交給中國國台辦官員，內容包括兩岸航權談判底線等機密。
檢調的搜查行動使得海陸兩會對兩岸協商相關事務均不敢多言，也不願提及張顯耀過去經手的業務內容。但據內部官員透露，張顯耀到陸委會工作後，行事風格與過去立委時期的高調大為不同，會為了洩密而指示秘書在辦公室傳真機密公文到對岸，情節實在很難想像。
對於檢方訊後傳出，張顯耀洩露的機密公文疑似涉及兩岸航權談判底線。知情官員表示，張顯耀於今年2月赴中國，主持「兩岸協議成效與檢討會議」，最主要任務確實為向中方要求開放陸客中轉等航運議題，更希望兩岸能藉不久後舉行的海基、海協「林陳會」宣佈進展。
然而官員指出，兩岸航權談判在檯面上雖由海基、海協兩岸進行，但實質內容談判卻是由海、空運小兩會（我方為台航會，對岸為海航會）進行；而談判結果涉及兩岸航空業者的市場策略及分配，結果受業者角力所左右，陸委會很難掌控「機密」內容。
此外，官員指出，尤其在陸客中轉議題上，台灣是提出需求的一方，而陸客中轉的最大障礙其實是中方無法在陸客證件上讓步，我方根本沒有所謂「底線」的顧慮。檢調所指洩露談判機密為何，海、陸官員也感到疑慮，是否可能涉及是否開放新航路等內容，才有所謂的國家安全問題。
官員表示，儘管相關公文的內容可能不若外界想像的多麼重大，但若被歸類為機密，「就算只是開會通知，外洩了也一樣獨法」；會內同仁懷疑，「恐怕是張顯耀對機密的敏感度不夠」，不認為這些公文是「國家機密」，才會大膽地提供給台商，因而觸法。
