前陸委會副主委張顯耀疑似洩密案已進入司法程序，政治效應卻隨總統府出面舉行記者會而擴大。據透露，由陸委會主委王郁琦承承擔政治責任去職，已被列為停止爭議的停損點，以避免此事在立法院開議後繼續延燒。據傳府內已著手思考接替陸委會主委的人選，具兩岸專業背景、能與美方溝通，並得到層峰信任，成為必要條件；此外，考量此次風波，「應該不會再考慮新手」。
張顯耀去職風波延燒10日，總統府首次舉行記者會說明立場，聲明重點卻是強調張顯耀去職全是王郁琦提出之建議，外界因此解讀為府方及國安高層有意與王郁琦切割，並傳出王郁琦可能因此扛責下台的揣測。
儘管對於相關傳言，高層及陸委會均表示，王郁琦上周已公開表示，自己的去留與張顯耀案的調查結果直接相關，籲外界靜待司法調查，勿再藉機炒作此事；但據了解，府方確實已有盤算，希望在國會開議前能讓此事告一段落。
府方高層考量之一，在於民進黨方面已磨刀霍霍，要求王郁琦在開議後進行專案報告；屆時砲火不僅鎖定王郁琦，更可能傷及背後的國安會秘書長金溥聰；更重要的是，一旦此事佔用太多時間，「其他的議題根本不用推了」，不利於其他重大施政議題的規劃。
知情人士透露，國會攻防尚不是高層關心的最重要因素，由於張顯耀案發展嚴重失控，不僅北京極不諒解，也傳出被扯上檢舉傳聞的美方頗為不悅，勢必有人要為此扛責，以給中、美雙方交代。
儘管兩岸系統盛傳高層已在思考接替人選，但考量此事堪稱金溥聰接掌國安會以來最大危機，因此傳出將暫時排除馬金嫡系人馬及新手兩種背景。然而兩岸人士透露，高層列出具兩岸專業背景、能與美方溝通，並得到層峰信任，符合的人選已經不多；再加上接任後必須收拾此事的爛攤子，而馬英九任期也只剩1年多，「要找願意拔刀仗義的人恐怕不容易」。
對此藍營內部也有不同意見，認為過早討論王郁琦去留，反而坐實處置張顯耀失當的話柄，對馬英九總統及金溥聰也造成傷害。也有人認為，依過去爭議事件的經驗，一旦此事進入國會藍綠攻防，同情政府的意見多半隨在野黨火力升溫而增加，因此不乏支持王郁琦挺下去的聲音。
