自由經濟示範區去年4月即由行政院核定，但由於外界質疑多，至今無法在立法院完成審查。簡單地說，自由經濟示範區是想透過法規鬆綁以及區內優惠，吸引國內外企業投資，活絡台灣經濟發展，為台灣加入跨太平洋夥伴關係協議（TPP）和區域全面經濟夥伴協議（RCEP）創造有利條件。
不過，由於區內大幅鬆綁物流、人流、金流限制，給予外（陸）籍員工減稅優惠，且開放原本禁止進口的830項中國農產品原料，在區內可以進口，經過加工後可外銷，這些在在引起民進黨和部分公民團體疑慮，擔心示範區會衝擊國內產業發展，而區內農產品加工後，外銷到國際上也會嚴重衝擊台灣農業。
根據國發會規劃，為了避免全面開放對現有產業造成強大衝擊，先在小區域範圍內試辦，並且選擇智慧物流、醫療專區、農業加值、金融服務、教育創新等高附加價值服務業先試行。國發會產業處長詹方冠說，社會對自由化和開放市場措施仍有不同意見，因此在小範圍先試辦，若產生正面成效，可擴大到全台。
目前規劃先行的示範區有6港1空和1個農技園區，6個自由貿易港是高雄港、台中港、台北港、基隆港、蘇澳港、安平港，1空是桃園航空自貿港區，農技園區則是屏東農業生技園區。國發會主委管中閔表示，為了讓示範區儘快上路，因此優先選擇從自由貿易港區擴大升級出發。
示範區遍地開花 綠憂談判籌碼盡失
不過，未來示範區條例通過後，加工出口區、科學工業園區、產業園區、地方縣市政府，也可以申請設立示範區，但需提出可行性規劃報告及營運計畫書，並經主管機關審核。由於示範區享有優惠和資源，因此即使民進黨對於示範區規劃內容持反對意見，但民進黨執政縣市長，卻希望能在自己的縣市設置示範區。
對於各產業園區以及各縣市都可以申設示範區，民進黨質疑，這樣「遍地開花」式的示範區，會讓台灣變成免稅加工廠，且會讓台灣對外談判籌碼盡失。民進黨主席蔡英文日前接受媒體專訪就說，片面開放市場不應做為推動經濟發展的主要手段，如有集中發展必要的策略產業，可建置策略性園區，但園區數目在精不在多，切忌天女散花。
示範區內的開放包括：外籍人士免簽證及工作經驗，陸籍人士核發商務多次入出許可（但未開放藍領外勞）；管制品可輸入加值後外銷，加值超過35%才算台灣製造；放寬外國律師、會計師以及建築師投資事務所，陸資來台投資比照外資以及WTO承諾；外（陸）籍薪資只課一半稅，台商海外匯回投資免所得稅。
詹方冠強調，這個示範區和其他國家的特區或開發區有所不同，示範區以法規鬆綁和制度創新為主，不是為了去開發某個地區，而是希望讓台灣的經濟體制能夠調整，跟國際一樣，做更高程度的開放，也藉此讓周圍的經貿夥伴們知道，台灣想加入區域經濟組織，並非只是說說，而是有實際行動。
