馬政府為避免台灣在區域經濟整合中被邊緣化，提出自由經濟示範區，希望引進新的經濟動能。不過，由於部分設計啟人疑竇，加上公民團體強烈反對，示範區已被標籤化，難有理性討論空間。此外，在一改再改情況下，即使示範區最後通過，恐已無太多誘因，和現有的自由經貿港區、加工出口區無異。
林義雄登高一呼 自經區標籤化
國民黨3月中強勢通過服貿協議，引發318學運，連帶讓外界嚴加審視示範區的內容。學運公民團體將示範區特別條例視為惡法，一度讓民進黨對於要「反對」還是「嚴審」立場動搖。某綠委說，4月30日，前民進黨主席林義雄結束禁食當天呼籲「人民應阻止通過示範區條例」，示範區已被標籤化，很難理性討論了。
該綠委坦言，示範區條例原本有可能在經過討論修改後通過，為台灣經濟帶來正面影響，但是在「林義雄一番話」、「學生和公民團體妖魔化」等因素下，再加上「行政部門不能或不願說清楚」，甚至趁機挑動「綠營地方和中央不同調、進行政治操作處理」，示範區被視為重點封殺法案的機率越高，通過日期也越遠。
為了爭取朝野立委和民間支持，國發會前後在立院開了5場公聽會，並在北、中、南地區舉辦多場說明會。公聽會後，國發會主動針對土地徵收、環評、野生動物保育及農業加值等4大爭議，協調跨部會修正15條相關條文；包括未來示範區土地取得將排除徵收與區段徵收、外國貨主內銷10%免稅要排除農產品適用等。
然而，國發會迅速回應外界質疑並修正條文，並不能改變示範區條例在立院的命運。某南部立委說，「行政部門動作太快」，國發會從善如流修改圈地爭議、農產品等條文，反被外界認為應重提草案，「原本可以拿來當作審查時朝野攻防的籌碼，現在反倒讓在野黨有機會要求在程序上重走一遍，拖延審議時程」。
不過，在野黨的質疑並非沒道理。以農業加值為例，目前禁止進口的中國830項農產品，在示範區內可以進口，經過加工後可外銷，非管制性的農產品還可銷到國內市場，對台灣農業衝擊極大。比如中國香菇不能進口到台灣，但可進口到示範區，區內加工業者加工後變成香菇醬外銷美國，還是和台灣農業競爭。
自經區審查拉鋸 朝野各懷鬼胎
示範區的審查，朝野各有策略、各懷鬼胎。國民黨的思維是，民進黨若反對，便坐實綠營逢經濟發展法案必反，因此委員會審查時「要講就讓你們講，反正院會表決會通過」。民進黨表面進行政策質疑，但背後也隱藏政治動機；在學運結束後，民眾對於示範區是否成為下一個服貿多所疑慮，使得民進黨有操作空間。
