其中也有反對學者，尤其是長期做教務、招生方面的學者憂心歷年來全國博士班一直在緊縮，收不到學生，化學系所亦同，這不是自絕生路？所以大家一聽到「廢碩班」這種完全顛覆的思維，馬上都神經上緊發條，一鼓勁地用重話「自絕生路」來形容。首先要澄清的是，台大化學系所提出的，是由學士班直接招募博班生。因為在訪談中完全無法用言語在幾分鐘之內道盡，故在這裡做個詳述。
直接招募博士班的立意，是希望藉著博班的第一及第二年，在修業及實驗研究這段期間，能讓有能力的學生真正體驗到科研的精隨，產生興趣，進而在不浪費任何時間下一直繼續進行博士研究。如果學生在這兩年間的磨練下沒興趣，或沒這能力，亦或本來就想藉此拿個碩士文憑去產業界，那麼遵從學生的意願，只要他（她）能符合系所規定的課業及研究的某一段落（各實驗室規定不同），那麼就可以碩士畢業。這些在實際層面上和碩士班的招募是如出一轍。當然，幾乎任何的可能改革其實生殺大權都是在教育部。多年來少數和學術完全脫節的官僚，能夠制定全國大學的教育及學術政策，影響國家發展甚鉅。呼籲教育部應考慮更多彈性地開放學士逕攻博士管道，不限於本系畢業生，而應該開放給全國各大專院校都可以申請其他學校。以台大化學系而言，為了學術品質的提昇，在有限的研究經費下，如果不妥善規劃我們的人力資源結構與配置，那才真是自掘墳墓。在招生上，我們當然是擇優而招募之。當然，這並不是獨優台大化學系。其他學校如果有同樣的理念、膽識及遠見，非常的歡迎共襄盛舉。當然每所學校、系所的辦學理念都不同，如果認為碩士班才是重點，那麼就盡力培育碩士班骨幹予產業界，彼此分工為國家的人才培育盡心力。當然這些學校的碩士畢業生也可以來申請例如台大化學系博士班。目前國內高等教育的一大問題在於各校之間同質性高，且存在某種惡性競爭關係，否則以化學領域而言，台清交及成大的化學所可能都已經包了全國二分之一以上的化學系畢業生，是故其他學校近年來在少子化下也飽受無碩士班可收之苦。高等教育不是零和遊戲，唯有將各校各系的定位分流並確定清楚後，才可創造良性的多贏局面。
從各種留言中得知，擔心台大或台大化學系可能因「廢碩班」進而斷絕學術研究的還是學界的教授們。當然以現在各大學缺乏「教研分流」且彼此呈現資源競爭關係的情況下，相信其他學校，對於台大化學系倡議廢碩班，應該也有著複雜的感受。故以甚至有唱衰者認為，以目前博班招生的淒涼情勢，開始行之就是台大化學系的終結之日。筆者認為，國內大學的最大的弊病是，只能跟國內的學校自己比，而缺乏放眼國際競爭的膽識。多年來台灣大學的各類大型計畫的申請，在國內互審時，幾乎都是其他學校聯合一起來壓制。然而學界其實也心知肚明，號稱尖端前瞻的計畫，若受限於人力素質及設施，是很難有成果的。這也是為何一些計畫最後就是造成全輸的局面。大家可以唾棄我的言論，但筆者確實看過太多這種例子。大膽的提出解方，跨出第一步來優化目前的學術結構，或許還能使國內學術脫胎換骨。現狀的守成不變，以及齊頭平均式的學術研究結構才是扼殺國內學術科研元凶。
