首先說明，我國的專利法將專利分為發明專利、新型專利與設計專利，三者保障的標的、取得的條件與保護力各不相同。通常要取得一個專利，依法必須符合以下的條件：非法定不予專利之項目，清楚揭露必要事項，符合先申請原則，符合單一性原則，補充修正未超出原說明書及圖式揭露範圍，符合專利要件之產業利用性、新穎性與進步性等條件。而不包括專利要件之產業利用性、新穎性與進步性審查的專利審查，稱為「形式審查」；專利要件的審查則稱為「實體審查」，而「實體審查」才是針對專利是否具有價值的實質性審查。目前新型專利僅須經過「形式審查」通過即可獲得，而發明專利則須經過「形式審查」與「實體審查」兩者通過才可獲得核准。由於「實體審查」的審查過程中，專利機關與申請人會根據雙方的意見與主張反覆溝通，因此「實體審查」程序所花的時間比「形式審查」要多；因此只須「形式審查」的新型專利成為一些需要較快獲得專利的申請人的選擇。
但新型專利和發明專利相比，除了保護期限較短外，主要在於實施權利的程序不同。新型專利的專利權人在進行侵權訴訟時，必須向專利機關申請『新型技術報告』，也就是針對專利要件的「實體審查」。此時新型專利的產業利用性、新穎性與進步性，及其權利範圍才能確定；也就是說，該新型專利的價值才能確定。換句話說，在『新型技術報告』完成前，新型專利是處於權利不確定的狀態。如果專利權人在新型專利權利不確定的狀態下進行授權等交易行為時，就必須自行證明其專利的價值；而對於買方而言，也增加其交易的風險。為了保障雙方的權益，還是必須進行相關的確權程序，但這也增加了交易的金錢與時間成本。
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從歷史的經驗來看，以專利制度發展最完善的美國為例，也經歷過不進行實體審查的時期。在1790年美國制定的專利法中，是由申請人向國務卿提出專利申請，然後由國務卿、司法部長、戰爭部長(國防部長前身)等人組成的專利委員會進行審查；經過此審查程序通過後，再由司法部長針對其合法性進行確認。依當時的美國專利法規定，獲得專利的條件是具備先前不為人知或不為人使用的新穎性，以及足夠的實用性；並且經由專利委員會中的二位成員認可即可。但這樣的運作模式因為委員會中的高層官員本業繁忙，及相關成員中對於專利授權持保守態度，使得專利授權的工作不易推展，委員會的成員工作不堪負荷，也引起了申請人的不滿。在多方都不滿意的情形下，促成了1793年美國專利法的修改。
在1793年美國專利法的修改中，主要的思考在於不增加新的機構或官員來負責專利事務，也避免負責的官員工作負擔過重。因此專利的授權仍由國務院負責，但專利有效性的審查責任則轉移到法院。在申請過程中增加專利權人必須對自己是該發明真正發明人進行宣誓。當發明人向接受宣誓的人提供資料並由證人證實後，國務院不再審查發明內容就可辦理授權手續，也就類似於今日的形式審查。而專利實質效力的審查方式則是：當任何申請人向專利權人居住地法院申請某個專利效力審查時，法院會根據申請人申請要求專利權人提出其專利符合法律規定(包括新穎性及實用性)的證明，否則其專利可能會被判失效。
但在1793年美國專利法實施後，相關的問題卻一一浮現：包括許多申請人以抄襲或複製的現有技術來申請專利；一發明有多人重複申請；以及專利註冊人發現不符合專利條件的申請。但這些專利都無法予以核駁，造成一些不肖人士利用制度上的漏洞招搖撞騙，向不知情人士提出侵權訴訟。而這些訴訟向法院提出時，法院又必須先進行專利效力的審查，如此既增加法院的工作負擔，又使專利訴訟的過程更為漫長。
對此，美國專利委員會在1836年4月針對專利法的修法向參議院提出報告，報告中提到自1793年專利法實施後，使用註冊制度造成真正具有新穎性和實用性的發明，反而因此而嚴重的貶值。因此該報告建議為了避免弊端，應該建立專利審查制度。此報告促成了美國1836年專利法的修訂，其中規定設置專責的專利審查人員針對申請的專利進行是否符合法律標準的審查，並建立專門的專利審查制度。到了1952年，美國專利法第103條再將「非顯而易見性」(non-obviousness)，即我國專利法中的「進步性」納入專利要件審查後，現代的專利審查制度架構可以說是至此完備。
從美國的經驗來看，對專利只進行形式審查而不進行實體審查的結果，會使得大多數專利處於法律權利不確定的狀態；如此將使專利買方負擔較高風險，買方往往因此對專利交易望而卻步；也使得具有真正高價值專利的專利權人，無法在市場上反應出其專利的真正價值。從制度經濟學的角度來看，就是因為發明技術的產權無法確定，使得交易雙方可能承擔較高風險；而為了降低風險，雙方可能尋求法院進行專利效力的審查，如此提高了交易的時間成本和金錢成本，也增加法院負擔而提高了社會成本。
另一方面，從專利法的法哲學觀點而言，專利的審查制度和其法哲學有關。澳洲智財權學者Peter Drahos在其《知識的全球化治理》(The Global Governance of Knowledge)一書中提到，專利登記制度和專利的自然權利論有關，也就是專利權屬於專利權人，國家的角色僅限於提供登記並向大眾提供相關訊息，亦即類似著作權的概念。但如果從社會契約論來看，政府是透過授予發明人或專利權人一定期間的市場壟斷權，以促使專利權人揭露更多保密的技術內容給社會大眾。而政府的專利機關則被視為是公民的代理人(agent)，負責代表公眾執行相關業務以替人民增加福利。而以目前專利法的精神而言，各國都較傾向於後者而不是自然權利論。
由以上的歷史經驗、交易成本理論、及專利法哲學的角度來看，可以得到發明專利實體審查目前為止仍具有維護專利價值、保障專利權人權益、提升經濟學上總體社會福利的功能。而且相關人士在針對此問題進行討論時，沒有明確說明在我國現行專利制度下，經過專利實體審查的發明專利，絕大多數是全部審查程序完成後就確定具有專利權與否，並能確定明確的權利範圍的；只有少部分專利會進行訴訟，而也只有這些在法院進行訴訟的少數專利案件才有被翻盤可能。也就是說，經現行專利實體審查後，多數的專利權利是明確產權而有保障的；如此才能在市場上進行有效的交易。當然政府相關單位，特別是智慧財產局應該繼續努力提升專利審查品質以確保專利權的穩定性，並完善專利商業化的相關法制建設，並建立相關的交易機制與市場，活化台灣專利的運用與交易，以推升我國專利事業的發展。
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