日本麥當勞4日宣布，前一天確診感染新冠病毒的一位50多歲女性是京都吉祥寺店的店員，因此該店3日晚間9時起便停止營業、全面進行消毒。根據日本放送協會（NHK）報導，這位店員上班的時間是2月20日、28日、29日，當時負責櫃檯與接待客人，雖然已經發燒，但是並沒有戴上口罩工作。
根據日本衛生當局的感染源追蹤，這位麥當勞店員在2月15日、16日兩天曾到大阪都島區的一家Live House聽演唱會。這家Live House已經出現多名確診案例，是大阪地區的群聚感染地點，大阪府知事吉村洋文曾緊急呼籲，曾到過這裡的顧客應儘速與衛生單位連繫，同時也避免外出。
確診的麥當勞店員從2月21日開始發燒到攝氏37度以上，不過她其實並不是專職店員，而是派遣員工。所以這段時間她除了到麥當勞工作之外，也曾到京都中央信用金庫事務中心工作，在麥當勞工作的時間則是2月20日與28日的晚上8時到凌晨0時，29日的傍晚6時到凌晨0時。這些時段共有22名員工跟她一起工作，目前也正在確認健康狀況，但不清楚確診員工曾接觸過多少顧客。
NHK表示，雖然京都吉祥寺店是因為新冠病毒問題暫時關店，但4日NHK記者到場察看，卻發現大門上貼的告示竟是「因為機器調整，3日晚間9時後暫時關店」。不過日本麥當勞官網有公布京都吉祥院店因店員確診關閉消息，並表示會以顧客與員工的安全為最優先，配合京都市進行調查，並且調整開店時間。
根據日本麥當勞2月28日公布的最新防疫對策，該公司允許由各分店判斷接待客人的員工，上班是否配戴口罩；要求員工上班前檢測健康狀況（體溫超過攝氏37.5度不可上工）；工作時徹底洗手（最低限度1小時應洗手1次）；店內設置酒精消毒液；取消所有店內活動。但日本麥當勞也表示目前口罩取得不易，至於確診員工上工前是否通過體溫檢測，目前也不清楚，但日媒稱該名患者從上月21日之後便一直發燒。
