雖然馬政府全力推動下，這六年多兩岸關係有長足的進展，但是，這六年多至少有前總統府專門委員王仁炳、前陸軍少將羅賢哲等七樁「共諜案」，節輕重不一，但至少布線數年，掌握上下線後一舉成擒。對這些「共諜案」，外界幾無訾議，因為相信司法檢調獨立辦案的判準。
張顯耀案則不然，從張「被請辭」引爆爭議到調查局立案送辦，每一個環節都違反程序，先不論匿名高層在畫好「共諜靶子」前的劇本，從愛打牌、疑緋聞、可能有錢利益，就從接獲檢舉、疑有洩密、事涉國安將舉國震撼，案情一路升高到還是由不具名高層透過媒體宣布，張涉及「外患罪」，懷疑被吸收為共諜後，再由調查局立案送高檢，質言之，這樁由高層指揮「有罪推定」的共諜案，至少在民主化後的台灣，既屬創舉更屬破例。
＊總統從不知情到召集張案處置會議
陸委會主委王郁琦聲稱七月下旬接獲檢舉函，先向國安會秘書長金溥聰報告，八月上旬「得便」向行政院長江宜樺報告，八月十四日告知張「上面」要他去職。八月上旬正是張率團出席兩岸經合會，回來後，馬英九總統還特別表揚。王郁琦自陳要張去職時告訴張此事和馬總統無關，因為當時沒跟馬總統報告。
緊接著，又是匿名知情人士說，「馬總統約在兩周前知悉張顯耀疑涉案情事，深感痛心疾首及難以承受；不過總統也指示相關單位，既已發現問題，就要勇於面對」。這位不具名的「知情人士」還說了一段聳人聽聞的事：「總統還召集江揆、金溥聰等人召開專案會議，決定王郁琦建議的『先調職、再調查』處理程序，再由王郁琦告知張顯耀『上面的決定』。」
照這位知情人士的說法，張顯耀案還是由總統召集會議拍板立案的「共諜外患罪」。總統推定有罪的案例，得從兩蔣時代找，最有名的就是被軟禁一生的張學良和孫立人，李登輝主政以降，尚無此例，馬英九總統竟要破例了嗎？
那不能不問，這六年多由這個共諜嫌疑人談判協商帶回來的協議，還可謂「以台灣利益為主軸，一字不能改」？而這六年多，與張顯耀共事的海陸兩會同仁，有多少可能在知情或不知情下，成了與張顯耀洩露國家機密危及國家安全的「共謀」或「從犯」？莫怪立委李桐豪主張陸委會要全面改組。
＊張志軍要問陳德銘：「是你吸收張顯耀的嗎？」
但凡共諜罪必有上下線，就算要洩露國家機密，也要有洩密的對口，或者絕密公文連絡交下的對象，總不可能張顯耀自己在台北調個公文就成了間諜，他是把機密給了對岸的誰？王毅？馬曉光？張志軍？陳德銘？還是俞政聲？習近平？如果張顯耀確實洩露國家機密，不具名高層敲鑼打鼓宣告他可能已被吸收為共諜，這上下線還找得到嗎？曾經與張顯耀在談判桌內外打交道的對岸台辦人士豈非個個啼笑皆非，彼此互問：「是你吸收張顯耀的嗎？」
