二月三日，第一架次春節加班機自武漢載回二四七位台灣人及陸配後，兩岸協商載回滯留湖北台人的後續班機再無聲息。武漢肺炎持續延燒，但專機撤回滯鄂台人已上升成兩岸角力的槓桿。
人數暴增讓台灣不及準備
這樣的轉折除了因為有一名台商下機後便快速確診武漢肺炎，也來自於六日晚間，中國大陸國務院台灣事務辦公室突然發出一紙新聞稿指出，已備好九七九名欲從湖北撤回台灣的台灣人名單，而且中國籍東方航空在六日當天就已向台灣當局遞交申請六日、七日、八日，以五架次載回台人。國台辦並批評民進黨政府拖延阻撓。
「湖北武漢台胞返鄉後援會長徐正文避開兩岸官式協商，透過民間協商把第一架次送回來之後，通路打開後，中共直接利用這個破口，弄一波政治操作，要給民進黨政府難看。」熟悉兩岸關係運作的人士分析道，暴增的九七九人名單到底從何而來？而且六日航班在當天才提出申請，根本不考慮台灣需要時間準備隔離房及檢疫措施。中方也需要派車集結人員、設置檢疫關卡，難道他們不用花時間？
徐正文日前指出，扣除第一波載回的名單，以及後續還有一些在湖北台人聯繫他，他的統計名單上還有四百台人滯鄂；海基會則在五日指出，陸續接到約兩百滯鄂台人請求協助。
考量兩者名單可能有重疊，國台辦所列名單遠超出台方掌握約五百人。
據悉，上述徐正文的四百人名單中，以探親、出差等短期停留約占七、八成。
熟悉內情人士指出，台辦彙整的名單包括直接「取材」湖北各縣市台資企業協會（台協）的成員名單，湊數統計，不見得九七九人都有返台需求，急迫性令人存疑。
據瞭解，目前第二班台人包機回不來的主因，並不在於總統蔡英文定調弱勢優先、檢疫優先，而是在於行政院長蘇貞昌六日明確拒絕徐正文為首的兩岸第三軌協商，要求政府對政府，至少由海基會協商。由於沒有第三方緩和，問題就比較難協商。
滯鄂台人憂心成為犧牲者
「太多事情需要協調，台灣要的是裡子，大陸要的是面子。」一位參與其中的台商分析，在第一架飛機載回武漢肺炎確診病例後，民進黨政府只能透過加強檢疫及篩選名單給國人交代，合情入理；但中國大陸又想強勢主導，雙方又沒有協商機制，就會陷入僵局。
畢竟在沒有快篩試劑的情況下，各國撤僑都是由各國檢疫人員隨機飛往武漢，為登機的國民檢疫，台灣方面希望比照，「但無論是我國籍航空華航飛過去，或要求對方檢疫人員依我方標準行事，都需要溝通確定細節。」這位台商指出，名單更涉及雙方認知問題；尤其六日晚間國台辦提出名單的方式充滿挑釁，更觸碰政治敏感神經，「現在只能衷心期盼，這群台灣人不要成為兩岸在這場無硝煙戰爭的犧牲者。」
不過，藍營幕僚觀察，除了這波疫情爆發突出中共治理失靈，連累台灣，又發生返台包機確診案例，兩岸衝突與敵視已充分檯面化；接著發生陸方包機的單邊決策，十日中共軍機二十四小時內更兩度繞台，「中共應該是在回應副總統當選人賴清德訪美，以及近期因疫情各國力挺台灣加入ＷＨＯ。」 （相關報導： 武漢包機惹議 謝龍介批自家人「三八假賢慧」：別在此時賺政治利益 ｜ 更多文章 ）
他並指出，菲律賓嚴守一中政策拒絕台人入境，未來類似案例會愈多，台灣民意就會更重視主體性，愈要跟中國區隔，間接去中化，兩岸衝突將可能升高。
