菲律賓衛生部次長杜明戈10日稱，菲律賓依據「一個中國」政策，把針對武漢肺炎疫情而對中國實施的旅遊禁令，擴大納入台灣，儘管菲律賓駐台代表處和我國外交部隨即澄清無此事，但菲律賓民航委員會同日深夜卻公告，暫停往返台灣航班，且在14天內到過台灣的外籍人士也禁止入境，我國外交部發言人歐江安今（11）日回應，菲律賓內部溝通不一致，目前正積極交涉。
菲律賓民航委員會（CAB）10深夜公告，基於「一個中國」政策，菲律賓總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）2日發布的旅遊禁令納入台灣，因此任何從中國、香港、澳門、台灣前往菲律賓，以及14天內到過上述地區的外籍人士，一律禁止入境菲律賓，但菲律賓公民和永久居留者除外，同時禁止菲律賓人前往上述地區旅遊。
Philippine airlines cancel flights to Taiwan over coronavirus https://t.co/qQaha3TR1n pic.twitter.com/O5b921vlyF
— Reuters (@Reuters) February 11, 2020
此外，往返菲律賓和中國、香港、澳門、台灣的航班也暫時停飛，菲律賓航空（PAL）和菲律賓廉航「宿霧太平洋航空」（Cebu Pacific）11日都停飛往返菲律賓及台灣航班。PAL發言人維拉魯納（Cielo Villaluna）說：「這些限制是因應新型冠狀病毒疫情，並符合公共衛生安全利益。」菲律賓移民局10日晚間表示，納入台灣的新禁令立刻生效，措施與2日針對中國所頒布的相同。
#CebAdvisory
— Cebu Pacific Air (@CebuPacificAir) February 10, 2020
Cebu Pacific Advisory
Travel between Taiwan and the Philippines
As of February 10, 2020 (11:00pm)https://t.co/JFcGZN3DSS pic.twitter.com/afD0iCQuSS
對於菲律賓態度丕變，歐江安表示，菲律賓衛生部10日單方面做出決定，依據世界衛生組織（WHO）的「一個中國」原則，把原先針對中國的旅遊禁令擴及我國，並直接通知CAB執行，而菲律賓駐台外交機構「馬尼拉經濟文化辦事處」（MECO）代表班納友（Angelito T. Banayo）同日才澄清，「這是依據WHO的政治分類，而非衛生部門應關注的衛生議題」。
歐江安強調，我國駐菲律賓代表處及MECO正積極與菲律賓總統府和外交部溝通，「我國並非中國疫區，且對武漢肺炎疫情掌控良好」。被問及為何菲律賓會短時間內態度改變，她解釋，這是菲律賓衛生部的片面決定，「菲律賓內部溝通不一致」，而我國目前仍在交涉，菲律賓會在12日開會討論。由於菲律賓起初未把台灣列入，此舉是否中國施壓？她僅稱，中國陰影一向存在。
