16日下午1時，中國湖北巴東縣發生5.1級地震，長江三峽集團表示，根據監測，三峽樞紐暫無影響，運作正常。而今年12月14日正值三峽大壩動工20周年紀念、關鍵樞紐運作滿10年。由於工程浩大，涉及的環境幅員廣闊，多年來各方爭議不斷。有人懷疑2010年的西南大旱的極端氣候、2008年的汶川與今年的蘆山地震都是因此一工程而起。不過專家表示，這些與三峽工程無關。
《新京報》報導，2008年汶川地震發生在青藏高原北部邊緣的龍門山地震帶，起因是地下深層次板塊碰撞；三峽大壩位在黃陵背斜，屬於揚子准地台中部的上揚子台褶帶，兩者所處區域、構造條件截然不同，也無聯繫。中國長江三峽集團公司董事長曹廣晶曾表示：「三峽水庫蓄水不可能觸發汶川地震。」
另外，有人認為「三峽大壩阻斷大氣環流，影響周邊氣候」，持此一觀點者認為，三峽原是四川盆地缺口，修建大壩就阻斷了水汽循環，導致極端氣候發生。中國三峽集團總經理陳飛表示，大氣環流的垂直高度為3000公尺，三峽大壩高度僅180多公尺，大壩不可能阻擋或阻斷大氣環流。
中國氣象局專家表示，該地近年的極端氣候，主要是和東亞大氣環流、海洋溫度變化，以及青藏高原熱力異常等因素較有關，與水庫蓄水「未發現直接聯繫」。
另外，三峽工程是否造成珍稀生物滅絕？中國工程院報告提出，該地魚類已適應環境變異，如中華鱘在葛洲壩截流後，在壩下形成新的產卵場。另一方面，中華鱘研究所也在2009年可做到以人工條件長期保存物種。目前三峽區內設有多個珍稀魚類、陸生動植物的保護區。
最後，三峽工程排出的水流挾沙增加，是否會造成長江中下游「崩岸」加劇？專家指出，這在工程規劃期時即有考量與預測，會就大壩運作後下游河勢的變化加以完善護岸工程，並對既有工程進行必要加固。同時，大壩運行10年來，年均淤積沙量僅為預測值的45%，顯示淤積防護較先前預估的程度為佳。
