2012年馬政府時期提出自經區構想，因外界質疑聲浪不斷，無疾而終。韓國瑜當選高雄市長後重新提出，在議會答詢時數度強調是為了發大財，引發爭議；不過，財政部等相關部會，先前即以恐有洗錢、洗產地等疑慮，強烈反對。
自經區是經濟特區概念，南韓也推出仁川自由經濟區，作為拚經濟策略之一，但各國政經環境差異，特區內涵也不同。台灣因國際處境特殊，在對外簽署自由貿易協定受阻困境下，20餘年來推出經濟特區或自經區的聲浪始終不斷，但因政策與執行面可能產生的負面衝擊，始終是發展經濟策略上的爭議話題。
●自經區特別條例為什麼會出現？
自經區的全名是自由經濟示範區（FEPZs－Free Economic Pilot Zones），是前總統馬英九主政時期提出的「黃金十年」政策之一。
根據2012年經建會（國發會前身）公布的資料指出，南韓總貿易額已是將近台灣2倍，且正與其他國家加速簽署自由貿易協定（FTA），若全數生效，至2025年時，南韓貿易額將會是台灣的3倍，不在區域經貿體系中的台灣，面臨加速被邊緣化危機。
當時的經建會認為，台灣應該仿效南韓推動自由經濟示範區，提出法規鬆綁及改善營運環境的5大推動策略，包含促進人員、商品與資金自由流動；開放市場接軌國際；打造友善租稅環境；提供便捷土地取得；以及建置優質營運環境等。
而自經區的營運模式是以「境內關外」為核心，業者除了可在示範區內建置廠房直接生產外，亦可透過「前店後廠、委外加工」的模式，吸引廠商加入產業鏈，透過免稅優惠強化產品競爭力。
●自經區特別條例引發兩極論述
自經區特別條例提出後，因牽涉大量現有法規修正，影響產業層面極廣，且涉及對台灣農業、醫療、教育、勞工與土地正義議題的衝擊，時任國發會主委管中閔允諾召開公聽會，針對討論結果進行修正。
不料，2014年5月，立法院聯席會議在混亂中處理自經區特別條例3條條文，引發極大反彈，在在野黨強力杯葛下，最終屆期不續審。
馬政府時代，經建會對外指稱，若自經區順利推動，將可促進民間投資上升，增加GDP並創造就業機會；同時也將創造醫療、農業及金融業等產業加值。透過「前店後廠」委外加工模式，有助引入產業活動，擴大企業營運利基，並帶動區外的產業共同發展。
不過，反對者認為，自經區所開放的各種「特區優惠」，雖對重點產業有所助益，但對區外的產業發展反而形成壓迫，而且政府也未提出相對應的配套措施。
此外，特區內的優惠待遇也將造成自由市場失衡，使得區內產業對區外產業在價格上進行打壓，導致特權經濟。
