浩鼎案延燒同時，中研院新院長遴選同時爆發爭議，讓被譽為國內最高學術研究殿堂的中研院聲望大跌。台灣守護民主平台和台大人權與法理學研究中心，13日辦「浩劫重生？從浩鼎事件談產業科技的民主治理與研究倫理」研討會，論及中研院改革問題，有學者直言，應直接解散中研院、或讓中研院大學化，才能壯大學術能力、同時藉師生互動提醒學者自律。
中研院高高在上 源自院士握有的文化資本和影響力
面對外界質疑中研院「高高在上」，中研院社會研究所研究員張茂桂先是剖析中研院的「神聖地位」從何而來。張茂桂說，中研院除了隸屬總統府，更因院士制度而有發達的文化資本和文化影響力。由於院士是內部推舉，「俱樂部」特性非常強，加上是終身榮譽職，一旦確定被選為士，就像獲得了學術界的青天白日勳章，受到相當尊重，「如果被邀請去喝喜酒、一定是坐主桌的那種。」
張茂桂形容，中研院就像是學術江湖裡的菁英俱樂部，不止可以審核各種計畫案、決策政策方向，更掌控科技研究資本，也讓大家對院士有非常多的幻想，認為院士學富五車、並想像院士不會和政治有太多掛勾。但張茂桂強調，中研院成立的目的就是要打造國族、以學術救國，這也意味著所有研究並不都只是單純的學術考量。好比前院長錢思亮當時接任院長就是為了暗中協助國家研究核子彈，就是明顯例子。後來前院長李遠哲因「選邊站」而被質疑，但若是放在當下時空來看，只是因為他上任時適逢政黨輪替、出現政治選擇而有表態空間。
院長遴選爭議 院士建議廢評議會
如今新院長選舉被質疑有政治力界入、更有院士連署要求推翻遴選結果，中研院法律所副研究員邱文聰直言，現行產出院長的方式是透過評議會、而非所有中研院職員，「並不理想。」他認為，現在台灣多是因社會需要發展某種科技、而找該領域表現優異的人來當院長，「但這並不代表他一定能對台灣發展有遠大貢獻。」因此院長遴選應比照學術自治的模式，直接由內部從事研究的人員選出。
長庚大學生物醫學系教授周成功則持更激進的看法，指評議會既然和中研院旗下研究所毫無相干，應該直接解散這些研究機構、回歸大學，壯大學術能量。好比若讓社會所回到台大，絕對能讓台大快速在國際上有學術地位。 （相關報導： 從浩鼎案看學術倫理 周成功：翁啟惠名字出現廠商標籤上，不能被接受 ｜ 更多文章 ）
持不同意見的張茂桂認為，中研院的理想是百分之百由公共資源支持，同時受法律規範。要併入大學，前院長吳大猷時代就曾有類似討論，但大學覺得備受威脅、不願接受，「不如中研院自己就變成大學！」
