日本法務省2011年訂頒行政指針，細到連「能不能留長髮」都有規範，但這套制度正受到越來越大的挑戰。台灣至今仍只有一句話：「按性別嚴為分界」。
近年日本社會對性別多元的接受度逐漸提高，但有一個場域，始終找不到答案。那就是監獄。
如果一名出生時為男性、法律上仍是男性，但自我認同為女性的跨性別者犯罪入獄，應該送進男監還是女監？看似簡單的問題，在日本已經爭論超過20年。
日本的現行做法：看戶籍
日本法務省目前的實務做法相當直接，就是看戶籍。戶籍登記是男性，就進男監；戶籍登記是女性，就進女監。
即使當事人已完成變性手術、外觀完全女性化，只要戶籍尚未完成變更，原則上仍收容於男子監獄。監獄只能透過單獨監禁、錯開洗澡時間等方式降低風險。
這套制度正受到越來越大的挑戰。支持改革者認為，跨性別受刑人在監獄內遭受性暴力、霸凌與歧視的風險遠高於一般受刑人，部分人甚至因服刑期間無法持續接受荷爾蒙治療而產生嚴重心理壓力。
但反對者提出另一個問題：如果一名保有男性生理特徵的人被送進女子監獄，其他女性受刑人的安全與隱私權又該如何保障？
已有真實案例
1991年，美國緬因州：一名尚未完成變性手術的MTF（男跨女）跨性別者，依本人意願被安排與女性同監，引發室友提告，主張隱私權遭侵犯。
2001年，日本：一名曾赴海外完成性別重置手術的跨性別女性因毒品案件遭拘留，拘留所仍以男性身分對其處遇，引發媒體大幅報導。這也是日本社會首次大規模關注跨性別收容人處遇問題。
2006年，日本：一位戶籍仍登記為男性的MTF受刑人，因被強制剃平頭向法院提訴。日本弁護士聯合會隨後為她向法務省遞交陳情書。
2023年，蘇格蘭：一名自稱MTF的男性受刑人被送入女子監獄，引發其他女性受刑人強烈抗議，最終又被轉回男子監獄。
2023年，丹麥：法院維持判決，認定一名尚未接受手術、但已合法更改法定性別為女性的受刑人，仍應在男子監獄服刑。
各國逐漸出現不同解法。有些以是否完成性別重置手術為標準；有些建立獨立跨性別收容區。義大利2010年成立全球第一所跨性別專屬監獄，洛杉磯2012年設置美國第一座專門收容跨性別女性的設施。
日本靠訴訟逼出來的行政規範
日本至今仍未把跨性別收容制度正式寫入法律，主要依靠法務省行政指引運作。而這份指引，是在多年訴訟、陳情與社會爭議累積下逐步建立起來的。
2011年，法務省頒布《性別認同障礙等之被收容人處遇指針》，2015年再度修訂。這份文件把監所內的跨性別收容人分成四類：
- 性同一性障礙者（需兩位以上具有專業知識的醫師診斷認定）
- MTF（生理男、心理女）
- FTM（生理女、心理男）
- 其他（提出診斷書或接受指定醫師診查者）
規範的細緻程度超乎想像。
入浴與身體檢查
MTF外貌改變完畢（特別是已摘除相關器官者），盡可能由女性監所人員管理；外貌尚未改變者，由複數男性人員對應。
跨性別受刑人入浴、裸體檢查時必須單獨進行，可放置屏風兼顧羞恥感。
髮型問題
日本監所規定男性受刑人須剃光頭或平頭。MTF收容人若不希望剃髮，監所可以「不強制有益於處遇」為由允許例外，並可自備潤髮乳、慕絲，留長髮者可自備髮夾。 （相關報導： 林郁婷未來還能參加比賽嗎？國際奧委會拍板：2028洛杉磯奧運僅限「生理女」，一根口腔拭子定生死 ｜ 更多文章 ）
衣著規定
原則上依戶籍性別決定穿著，但MTF若已做隆胸手術，可穿胸罩。FTM則不允許穿束胸衣，此規定被學者批評邏輯不一致。
