寶林茶室中毒案延燒至今已累計2死，死者體內驗出罕見毒素「米酵菌酸」，疑似就是此次事件的元凶，原因出在寶林茶室的內場環境整潔度可能比衛生局稽查情況更差，導致廚師在不知情的狀況下將發霉的粿條做成料理讓顧客吃下肚，而寶林創辦人黎仿軒聲稱自己「當天也吃了粿條但沒事」很可能是因為他吃的是新鮮粿條，而非有問題的食材。稍早台北市長蔣萬安證實，環境、生物跡證驗出米酵菌酸，「寶林的責任，你跑不掉！」
寶林中毒案受害者都是在3月17日到3月25日期間前往用餐，而該店在3月23日之前雖然都持續在進貨新鮮粿仔條和油麵，事發之後衛生局前往稽查，發現多項衛生缺失，包括碗盤不潔、刀具隨意放置在流理台上，以及調味料過期混放等問題，但過期調味料並無使用情形，粿仔條也沒有不當保存的狀況。
後來衛福部又對粿條供應商大粄城和下游供貨廠商的食材進行現場取樣抽驗，包括粿條、香蘭葉、在來米粉、醬油、老抽、豆芽菜（分裝）、豆芽菜（大包裝）、咖哩粉、薑黃粉、香菇素蠔油、工研酢、蘭花牌釀造晒油、香辣胡椒鹽、蝦餅、檸檬、可果美番茄醬、VINH THUAN 粉捲粉、美國味好美調味品自磨式喜馬拉雅玫瑰鹽、花椒粒、芥末椒鹽、魚類咖哩粉、高麗菜（分切）、高麗菜（未處理）、胡椒塩粉、大黃瓜、油麵、生薑、麵包油炸粉、吉利T（果凍粉）、孜然粉、洋薏仁、小薏仁、西谷米、鴻禧菇、雞蛋等等35項食材，均未檢出米酵菌酸。
寶林茶室疑將「室溫變質」問題粿條賣給顧客
寶林茶室的粿條販售紀錄顯示，17日賣出5盤、18日賣出1盤，但剩下的粿條都沒冰，就這樣放在室溫下過夜，疑似因此腐壞，隔天又被賣給顧客，因此19日開始傳出有顧客食用粿條和河粉後中毒，直到24日都陸續有人中毒；至於中間20日為何完全沒有中毒病例，就是因為當天剛拆封新的一批食材，所以才讓7名顧客幸運逃過一劫。
根據《CTWANT》報導，有知情人士透露，寶林茶室應該都要把客人每天食用的菜品留下樣本以備萬一檢驗所需，但寶林茶室疑似將沒有問題的粿條放在冰箱裡，卻將放置在室溫下變質毀壞的粿條賣給顧客，才造成衛生局在各個相關食材中，始終未能檢驗出米酵菌酸的原因。
而代班廚師就在不知情的情況下，使用了放置於室溫下退冰過久、已經變質的粿條來製作菜品，這些粿條在經過馬來西亞風味的重口味調味後，異常味道被掩蓋，使得顧客無法察覺食品已經變質。
此外，寶林茶室創辦人黎仿軒曾公開表示「素食很安全」，並聲稱自己也曾食用當天進貨的粿條而未感異常。然而，調查顯示，黎仿軒所食用的粿條與導致中毒的粿條並非同一批次，後者由於保存不當已經變質。
寶林前員工爆：食材由機車載運
另據《東森新聞》報導，有寶林前員工出面爆料，公司在運送、處理食材的過程問題很大，在他任職期間，寶林茶室都沒有設立中央廚房來統一處理食材，而是由一位阮姓營運總監負責用機車將粿條從供應商處運送至各分店。
這位前員工指出，阮姓營運總監負責的運送方式，讓人擔憂這些粿條在運輸過程中是否得到妥善的保存和保鮮，「以前老闆可能為了節省成本，所以會請這位阮姓經理來載運這些叫貨的粿條，然後由機車載送，再配送到各個分店。」這種方式後續也不曉得到底有沒有改善，對比如今中毒風波看來格外諷刺。
蔣萬安證實「驗出米酵菌酸」
台北市長蔣萬安今（2日）稍早召開寶林案調查進度記者會，宣布衛生局3月24日當天第一時間前往現場調查，並採集刀、砧板、現場人員的手部等環境、生物跡證後交給台大法醫所檢驗，台大法醫所4月1日回報表示，上述跡證驗出米酵菌酸陽性反應。蔣萬安表示，他昨晚接獲報告後，已將檢驗結果交給檢方和警局，也請台大盡快將完整報告提供以送交檢方，「寶林的責任，你跑不掉！」
目前餐廳負責人黎仿軒、王姓店長、周姓主廚及胡姓代班廚師等4人已被列為被告，還有3名工讀生被約談。
