編按：台北101都蓋到一半了，民航局卻突然認定「危險」，不准大樓按原先計劃蓋下去，要求大樓蓋矮一點，然而整棟大樓結構早就經過環環相扣的縝密設計，豈能說改就改？101團隊因此陷入了巨大危機...
交通部民航局突如其來的「危險」認定，差點讓台北101世界第一高樓的理想就此破滅。
1999年四月，為了架設航空障礙燈，建築師去民航局詢問相關事宜，林鴻明說，「民航局好像那時候才忽然發現台北要蓋一棟超高大樓。結果他們就開始喊這樣不行，太高很危險。」台北101位在松山機場禁限建範圍的三公里之外，三個月前增加的最後20公尺，被民航局認定為「危險」，要求降低建築物的高度。
林鴻明和整個團隊得到這樣的回覆，頓時都呆住了。世界第一高樓的話題炒得火熱，各項工程、發包也都如火如荼進行著，民航局突如其來的「危險」認定，打亂了原本所有的規劃。
當時民航局正準備要改換導航系統，「危險」的認定，是以舊的導航系統為標準而做出來的評估。林鴻明說，「民航局原本的意思是，以舊有的設備或許會有危險。」沒想到消息一出，經過媒體轉載，簡單的被解釋成：「台北101影響飛航安全。」
同意降低建築物高度
當時交通部部長建議團隊，不如依照最初計畫，將建築物改回66層樓。林鴻明說，「部長說，讓建築物長胖一點就好了。」但是，一根基樁多大、承載多少重量、放在什麼位置都固定了，怎麼可能輕易更改樁位？林鴻明說，「如果政府一定要把這棟樓變矮，那我們只好請市政府收回自建，並且申請國賠。」
但是計畫卻還是必須繼續走下去。
1999年七月，台北101管理部門與KTRT簽訂總包合約。
同一個月，在台北市政府主導下，針對建築物高度與飛航安全問題，與民航局進行三方協商。
林鴻明說，「當時已經知道民航局即將更改航道，以及更換新的導航設備。但是沒有任何相關的時間表。」民航局的態度是，如果建築工程進行到93層樓，民航局的航道、導航設備還沒有更換完畢，那麼工程就必須停在93樓。林鴻明說，「如果提前更改、設備升級完成，我們就能照原定計畫，完成一棟508公尺的世界第一高樓。」
工程有時間表，無法繼續等待沒有時間表的「如果」。民航局更換導航系統的速度，成為台北101最後能不能真的蓋到一百零一層樓的關鍵。林鴻明毅然做了決定，「還是要讓工程先進行。」為了讓工程能夠繼續展開，台北101團隊同意降低高度。
