視盟在對南美館呼籲中認為：「南美館採用了董事制優先於館長制，董事會具有提名和任命館長的權力，就已經埋下了封閉性決策的陷阱。行政法人除非採雙軌制，並且讓藝術專業與行政專業同階，再由第三機構監督其行政運作（例如文化局或市議會），組織才可能自我監督。但目前的董事會已將三方纏在一起，形成單軸的階級層次：董事長－＞董事會（包括市政府）－＞館長－＞館員，請問這樣的法人決策，儘管宣稱依章程運作，誰還監督得到？」最後一個疑問句，充分表示民間藝術團體對制度設計的高度懷疑。
在諸多爭議事件中，最困難解決的事件應該是失去館方和輿論彼此信任之後的衍生問題；一旦因為沒有適當暢通的溝通管道所造成的隔閡，更加深對壘的高牆。在筆者個人任職南美館期間所接觸過的「反對聲音」，也並非全然無法溝通，而是需要傳達願意接受意見和充分討論的誠意，接受監督者在未來檢驗南美館傳達的誠意是否有實踐的決心。
訴諸於制度前提之下的監督檢討聲音，出現在南美館首任館長尚未就職之前，未曾循任何公開或私下管道進行溝通，民間的檢討就隨著網路或集會自由散發。這些聲明和意見是值得探討的議題。「台南應用科技大學美術系助理教授許遠達則點出，行政法人成立的目標在於對組織改造的積極理想，而非過去政府單位的依法行政，故而南美館『一切依法行政』的回應，是相當消極的應對，也僅是道德的最低限，而非此一機構成立的目的，並不符合人民的期待。」(高子衿2016)
許遠達對府方、館方的「官式發言」感到不滿意，主要原因即在於，監督機關由文化局主導的模式，造成監督只有體制內部的「備查」，並未達到監督效果，以及缺少社會輿論對南美館營運取向的作用力。台南市議會質詢南美館業務本應是市府秘書長答覆，卻均由文化局長回應，即是明顯的內部監督錯位的例證。
行政法人成立後，主管機關的角色將由執行者轉為監督者，就台灣行政法人制度設計的參考對象如英國與日本之發展前例看來，其曾經發生過的主要爭議包括董事會與高階主管人事流於私相授受、資訊不透明與缺乏監督等公共性流失。(高子衿2016)
上述的批評大致可以分為兩個方向探討，其一，是民間監督在意公法人美術館是否做到讓民間參與的雙向互動，亦即是公法人機構的公共性；顯然「依法依行政」的業務底限並不是公法人機構營運的核心價值所在，民間監督所爭取的公共參與和決策開放才是其中心意旨。其二，關於人事安排的爭議，也讓民間監督的聲音，對現在和未來充滿了不信任感。人事安排也應該分為兩個層次討論，第一個層次是董事長、館長這類的特任官或「政務官」層級。實話說，以民選市長的用人意志為準並無法制的錯誤；只是在強調利益迴避為前提和社會觀感造成輿論結果，市長要自己承擔這些責任。第二個層次，是按照法令程序招聘的各級館員，就制度面來說幾乎無可挑剔的人事招聘過程中，是否有人謀不臧的問題，則應該是勞工局、市議會等單位是否盡職進行督察的問題了。
