南美館的自治條例與高美館相差無幾，其監督機關是台南市政府，董事長也由監督機關遴聘。館長任用則與高美館不同，是「由董事長提請董事會通過後聘任之」(第十九條)。這一點「不同」卻造成南美館後續發酵的問題有極大的差距。南美館董事長是市府在公務和學術體制外遴選的在地老畫家，若要指揮一個由官員、學者、產業人士組成的董事會，還要扛起獨立徵選專業性、公信度極強的館長，究竟董事長是否有此行政經驗與最後的結果、實效如何？首先引起在地藝術界的質疑；2017年4月12日《中華日報》報導的「南美館黑箱?文化局自清!」一文可見端倪。
2017年底，由藝術家雜誌發起投票「2017年十大視覺藝術新聞」，該雜誌在2018年1月公布票選結果。名列第三的「台南市美術館行政法人黑箱疑雲」其內容介紹：「場館興建及行政單位的組織與轉型：台南市美術館為台灣首個行政法人美術館，館長人選備受矚目，名單公布後，台南當代藝術界於4月11日發起連署，質疑南美館行政法人黑箱，要求遴選程序公開、透明，南美館董事林曼麗於4月25日請辭。台南市政府文化局也於稍後發布新聞稿回應，表示南美館自籌備至董事會成立皆依法行政，絕無黑箱作業。」
由文化局代表南美館監督機關發表的「依法行政」聲明，依然沒有減低社會輿論對制度的批評抗議。2017年4月中旬開始至月底，陸續有林曼麗辭董事並公開呼籲「南美館董事會，應正視並回應藝術社群及群眾疑慮，建立典範。」(蔡文居，自由時報)；台灣視覺藝術協會(簡稱視盟)今日更以「藝術界蒙受決策不透明的災難，受夠了」為文公開聲援(洪瑞琴，自由時報電子報)；龔卓軍宣布退出策畫開幕大展(劉婉君，自由時報電子報)。
四月這些事件從台南在地藝術界擴大至全國範圍參與批評抗議，透露兩點在制度上的癥結，其一，是南美館監督機關是市政府，亦即市長辦公室直接監督，卻由文化局「代打」，此舉違背行政法人制度的立意初衷。其二，是藝術界輿論對「依法行政」的公部門消極態度明顯不滿。但話說回來，以台南市文化局的公務層級而論，也只能搬出條文「依法行政」的空虛用語為上限，無法做出更高至市長層次的回應，例如，市府會檢討自治條例內容，重新修訂之類的承諾。所以，癥結即在於，由與南美館平行等級的文化局主導對南美館的監督，只是公部門的便宜行事，卻成為一顆最大的制度絆腳石。
視盟認為，採董事長、館長平行的雙軌制，可以避免董事長優於館長的封閉性決策陷阱。如果要探討「封閉性決策」這個缺點，並不是由哪個職務主導館務發展可以解決，而是需要從董事會成員是否有的代表民間監督的力量在內；目前董事會只有官方、學界和一位無關藝術的產業代表，缺少藝術領域的民間人士參與。但弔詭的是，南美館的董事長是來自於民間的繪畫創作者，由其主導的館務發展方向，依然讓社會、學界持反對意見。可見並非修訂制度就可以解決當前的各種爭議。
