關於營運理念之爭
就上述制度的爭議分析歸納，似乎制度面的法令規章如有值得檢討修改的內容，只在權責劃分、利益迴避、便宜行事等少數條文的釐清。最大篇幅的爭議是集中在館務的營運方向和關於美術館設立宗旨等方向的理念之爭。
儘管，台南市政府在2012年開始陸續舉辦三場台南市美術館籌備的座談會，但是，參與提問的公眾與答覆的官學界人士僅止於未來式的討論溝通，故而會議的詢答並未有爭議事件發生。及至2015年南美館正式通過徵選競圖，確立建築設計、營造團隊，開始進入硬體建設階段。2016年2月，在可查閱的紀錄裡最早的一篇，陳正杰撰寫標題為「從缺和放棄—築起不信任圍籬的臺南市立美術館」以南美館建築工地圍籬發包事件提出的批評。此項事件並未引起社會或在地藝術界廣泛討論與回應，然隱約已經看到南美館的作為引起在地藝術工作者的芥蒂。
2012年7月21日第一場座談會到2013年1月5日 第一次先期規畫公聽會，總共有四場次。在第一次公聽會時，由臺南美術館籌備委員會召集人陳輝東回答公眾提問時公開表明：「臺南市在我們臺南這個美術館呢，分成兩邊，就是說就警察署這一邊，我們預計了一個計畫就是「近、現代美術館」。然後我們外面這個公十一，上面要加蓋的這個美術館是作為當代美術館之用，兩者之間，性質會有一點區隔，……。」這段有書面紀錄的公開講話，應是造成當代館更名為2館爭議的導火線。
台南在地的藝術創作者或團體接收到的明確訊息，是在公十一停車場上方建成「當代館」，也因此更加關心南美館後續如何處理相應的典藏和展覽規畫。2018年1月「自由時報」報導：「最近工程圍籬換館名，「當代美術館」變成「2館」，「近現代美術館」則是「1館」，引起藝文界質疑漠視台南當代藝術發展史重要地位。」
平心而論，當代館的更名與「漠視台南當代藝術發展史重要地位」是否有直接關聯，應該是檢視南美館如何以展覽、典藏、研究和推廣，處理在地當代藝術創作，而不是僅在館名的變更立即做出質疑的反應。當然，我們也可以認為，這項聲明是一種在地當代藝術工作者對南美館的「提醒」。南美館方也發佈明確的回應：「南美館表示，1、2館館名於去年6月15日第4次董事會議決議通過，是在蔡總統訪視之後才定案，後續工地圍籬更換館名，而南美館發展目標不只有2個館，未來還會有3館，當代藝術的典藏展覽與文化教育推廣，完全不會受影響。南美館董事郭為美表示，考量藝術創作多元化及館場展覽被受限於當代或近現代的屬性定義，因此，經董事會討論共識，改稱1、2館，未來還可能有3館，提供更多展覽典藏空間。另有活躍南台灣的策展人表示，館名對一般人沒有差異感受，展覽內容與精緻度才最重要，館名爭執無助南美館永續經營發展。」(洪瑞琴「自由時報」2018-01-12)
