根據「政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例」（下稱「黨產條例」）相關規定，一旦被認定是所謂的附隨組織，原則上所有財產的動支，都必須事先提出申請，並取得黨產會的同意。此種立法設計，如果只從法條的形式和文義觀察，似乎只會對所謂的附隨組織，於一定期間發生「凍結財產」的法律效果。但是，任何法人、團體或機構，無論是日常業務的推動執行，或是內部的人事更迭異動，幾乎都不可避免會涉及財產的動支，黨產會在取得財產動支最終決定權的同時，自然也就掌握了對於該團體「業務」和「人事」的主導權。
因此，認定是附隨組織的行政處分，法律效果其實遠遠超出了只是對於財產權的限制，而是一併侵蝕了結社自由的核心內涵，也就是內部組織與事務之自主決定，以及本於自主決定而對外活動之自由（參照司法院大法官釋字644號解釋）。因此，形容附隨組織某程度已被黨產會「實質接管」，或許並不為過，反而更符合實際情況。
不僅如此，黨產條例對於附隨組織的規定，其實遠比政黨更為嚴苛，如果是政黨，至少「黨費、政治獻金、競選經費之捐贈、競選費用補助金及其孳息」，不會被推定為不當取得之財產。但是，凡是附隨組織的財產，卻毫無例外的一律被推定是不當財產。
雖然，黨產條例的確規定，如果是為了履行法定義務或有其他正當理由，以及符合黨產會所定要件下，可以申請動支財產。但是，如果黨產會已經認定某一團體是附隨組織，邏輯上又怎麼會允許該團體可以動支經費，去進行原本所從事的相關業務活動？又如何合理期待該團體不會因為被認定是附隨組織，而使其涉及動支財產的業務及人事決定，不會被有預設立場的從嚴審查，甚至是刻意刁難？
更何況，黨產條例僅規定申報財產的期限為「四個月」，至於黨產會認定財產之取得究竟是否正當，以及其作成最終判斷，則沒有時間上的限制，黨產條例空白授權的結果，使黨產會只要認為尚未釐清事實，即可不斷進行調查及聽證。但是，被認定為附隨組織的團體，某程度已喪失自主決定權，無論是業務推展的效率、內部成員向心力，乃至於外界的認同度，都將隨者時間流逝而不斷衰落，最終可能因此滅亡。
黨產會委員都有各自擅長的領域，但是，無論法律、政治、會計或歷史的專業，都不代表黨產會就具有替某一附隨組織作成最適當決定的能力和經驗，因為被黨產會認定的附隨組織，型態和業務都可能截然不同。如果真的要符合比例原則及功能適切理論，盡量避免在調查期間對於所謂的附隨組織造成不必要或是過度的傷害，那麼在制度設計上，應該是由對於所謂附隨組織的業務，長期具備監督管理權能和經驗的目的事業主管機關為之，而非由黨產會享有最終決定權。
但是，如果黨產條例的真正目的，並非只是追討不當財產，而是消滅特定政黨及所謂的附隨組織，那麼這樣的規範方式也許就不是無心疏漏，而是別有用意了。當然，無論是哪一種情形，最終都必須接受比例原則等憲法原則之檢驗，自不待言。 （相關報導： 風評：黃煌雄也擺不平「促轉」不正義的違憲爭議 ｜ 更多文章 ）
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