行政院欲推動六部會組織改造，目前草案正在立法院審議當中，其中針對新增設的三級機關，政府有意採取部分首長「常務及政務雙軌制」，除了任用常任文官，也允許政治任命。對此，在野立委質疑，雙軌制恐將增加政治酬庸的職位、破壞文官體制。
行政院各部會組改方案若經三讀通過，預計將在在半年內陸續完成首長任命，屆時三級機關組織依首長雙軌制，整體政務官數量將增加，部分骨幹職位以政治指派的外部人才為主，但此時力拼組改和雙軌制也讓人質疑有選舉酬庸之考量。
行政院人事總處解釋，基本上公務員任用仍以考試、常務任用優先，但針對需要專業背景人才的機關，因性質特殊加上部分職缺有特定需求，採行雙軌制可以擴大人才招攬、增加用人彈性，且多數政治任命仍須經立法院同意。
未來待組織法草案通過，經濟部的產業發展署、能源署等署長任用將採雙軌制，首長除了可由常任文官擔任，也能經由政治任命。
中華民國「五院」屬於一級機關；行政院下的內政部等「部、會」屬於二級機關；而部會底下的「署、局」則是三級機關，如經濟部下的國貿局、農委會下的漁業署；四級機關為「分署」或「分局」。
中立的文官制度，旨在預防文官受到政黨更替影響、避免政治力介入，以便公務人員依法行使專業，同時維持政治中立。而政務官加入將成為部長、高級副部長或議會秘書等，負責制定、協調公共政策，兩者需彼此尊重、合作、互信，恪盡職守並增進人民福祉，但修法放寬恐衝擊文官體系，不免引發「政治凌駕專業」之嫌。
