前新竹市長林智堅論文抄襲調查局調查官余正煌的案子，並沒有因為台灣大學學術論理審定委員會認定抄襲、林智堅退選而告一段落；相反地，余正煌去年9月向台北地方法院自訴林智堅侵害著作權案於今年1月11日開庭，讓論文案再掀風波。這次，林智堅的指導教授陳明通跳出來大聲為林智堅喊冤，而去年考績被打乙等的余正煌也滿腹冤曲，在開庭前一天於臉書宣戰：「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來。」這裡「公司」應是指他工作的調查局。不過余正煌的提告，反而替林智堅這方製造了反擊機會。
余正煌為何會提告？他是在去年9月提告（今年開庭當天再加碼向台北地檢署遞狀提告林智堅加重誹謗罪），當時台大學倫會已撤銷林智堅碩士學位。提告時，余正煌的律師發表聲明指出，提出刑事自訴是為了「捍衛自己的權利」，因為本案在政治層面或已終結，但在法律面並無完整說明，林智堅不承認抄襲，余正煌只能透過刑事自訴保障權益與名聲。
