新竹市前市長林智堅被台大國發所同學、調查官余正煌指控抄襲論文，台北地方法院11日開庭，余正煌委任律師張祐齊透露，林智堅的論文沒有引註、余正煌的論文卻有，是因為余正煌當初怕被抄襲，才把論文初稿的引註拿掉。對此，林智堅指導教授、國安局長陳明通12日透過委任律師陳昱龍代發聲明書駁斥，張祐齊的言論顯然與事實不符。
陳明通聲明指出，針對12日媒體報導，余正煌先生委任律師表示，當初余正煌把論文初稿寄給陳明通時，刪除引註部分，所以陳明通寄給林智堅時，或許林智堅抄的時候沒有注意，才沒發現引註問題，可證林智堅抄襲事實非常明顯。此等言論顯然與事實不符。
陳明通聲明提到，陳明通於2016年1月5日，以電子郵件寄送論文寫作底稿及格式予余正煌參考，檢視余正煌最近向法院所提證據，當年1月28日的論文進度，陳明通發現在論文最核心的研究設計部分根本毫無進度，仍停留在當年1月5日陳明通交付余正煌的論文寫作底稿階段。
陳明通：余正煌只是增加文獻檢討並引註
陳明通聲明指出，2016年2月1日，林智堅的研究計畫在陳明通的指導下已完成雛形，從1月28日到2月1日，仍屬該領域初學者的余正煌不可能在短短2、3天完成研究設計寫作，更沒有交付或email其論文最新進度，陳明通更無從、無理由將余正煌的檔案寄給林智堅，所謂林智堅抄襲余正煌論文完全不是事實。
陳明通聲明提到，2016年2月中旬，余正煌曾找上陳明通，陳明通把2月1日林智堅已完成雛形的論文計畫給余正煌參考，事後從余正煌同年3月8日寄給陳明通的研究計畫，以及最後的論文，在研究設計這部分絕大部分皆來自林智堅2月1日的內容，只是余正煌增加點文獻檢討，並引註，「這是因為本人鼓勵余正煌先生進一步發揮的結果。」
陳明通：余正煌刪除引註，與一般經驗與論理法則相悖
陳明通聲明強調，研究生寄送論文電子檔給論文指導教授或師長時，為求論述正確性及確認依據，依常理應寄送完整論文電子檔，但余正煌委任律師提及余正煌會先自行刪除引註，卻完全未見其有任何舉證以實其說，不僅難以理解，更與一般經驗與論理法則相悖。
陳明通聲明表示，上述提及的相關證據與公證書，陳明通已經交付林智堅委任律師提出，謹供法院審理，以釐清並還原事實真相。
