國民黨主席朱立倫5月初登陸出席國共論壇，民進黨主席蔡英文批評「兩岸關係不是國共關係」，馬英九總統11日上午受訪時回應，「本來就不是」。他也證實，很早就鼓勵朱立倫到中國訪問，以黨輔政。
蔡英文10日批評馬政府「把兩岸關係當作國共關係在處理」，對台灣造成傷害，並呼籲北京跳脫國共框架，「兩岸關係不是國共關係」。
馬英九11日受訪時回應，「本來就不是啊，這是我們跟大陸的關係」。馬英九並證實，早在朱立倫就任黨主席時，就鼓勵他到中國訪問。
馬英九說，他對朱立倫說，「這個關係 」一定要維持，希望他能夠以黨輔政，幫助政府推動兩岸政策。
另外針對台中捷運工程發生重大傷亡意外，馬英九表示，在第一時間知道後就立刻致電行政院長毛治國，指示中央在可能的範圍內提供協助。
