台北市政府當年花了3億捐助成立了「財團法人病理發展基金會台北病理中心」，除了在董監事任期屆滿時提出4席董事和2席監察人名單外，因董監事席次並未過半，在該基金會中並無任何主導權；且因為該基金會的主管機關為衛福部，加上前市長郝龍斌於2010年行文台北市議會，表明未來「財團法人病理發展基金會台北病理中心」的預算書及其年度營運及資金運用計畫免送議會審議，北市府自廢武功，對病理發展基金會無任何監督管理機制。
柯市府在接到「財團法人病理發展基金會台北病理中心」要求改薦董監事人選的函文後，檢視過去基金會運作情況，赫然發現，如今，台北市政府對該基金會除設置成立時提供原始捐助3億元，因此可推薦董監事席次外，因該基金會為醫療法人，目的事業主管機關為衛福部，其組織章程、會議紀錄、財務報告及人事等資料，僅需送衛福部核備。
也因此2011年被立法院發現財團法人病理發展基金會裡有隻超級大肥貓，該基金會呈報的2009年資料顯示，整個董事會一年的經費有408萬，但其中有180萬，竟然是給董事長陳炯松作為公關費，比部長級高出許多，即使是院長級待遇，如立法院院長、監察院長的特別費，一年也才120多萬元，陳炯松光是吃飯就吃了31筆，有20多萬，被拿來買酒。
