去年兩岸商定由我方經濟部與中國商務部對口商談的台灣加入區域經濟整合共同研究一事，主管機關由經濟部門轉為政治部門。海基會董事長林中森3日公開表示，未來此一議題將由陸委會與國台辦直接商談。他並強調，過去僅止於交流的陸委會與國台辦直接商談具體議題，「是很大的突破」。
海基會3日舉行董監事聯席會議，林中森在會議開始報告去年工作進展時指出，陸委會與國台辦已建立協商的管道和機制，去年2月、6月和11月，王張三度會晤，並在11月確認兩岸加入區域整合的共同研究議題，未來將會由國台辦和陸委會直接商談。
林中森更強調，原本陸委會和國台辦「只是交流」，但現在連具體的議題都可以官方對官方直接會談，「意義就是陸委會和國台辦也能直接協商具體議題」，這是很大的突破，希望很快能達成共識。
然而根據王張會共識，以及陸委會主委王郁琦1月下旬年度記者會對共同研究一事的說法，台灣加入區域經濟整合共同研究一事，由我方經濟部和中國商務部負責，陸委會「只負責事前的準備工作」。
林中森的談話另一項與主管部會不同調的議題，是兩岸簽署協議的進程。林中森在會議中指出，今年海基、海協將舉行第11次高層會談，根據第10次會談設定的議題，今年雙方將討論貨品貿易協議、爭端解決機制、兩岸兩會互設辦事機構、避免雙重課稅及加強稅務合作、環境保護合作，及飛航安全及適航標準合作等；其中已有幾項議題的文本已接近完成，可望儘快達成共識，一旦得到政府授權，將於中國舉行第11次會談並簽署。
儘管林中森表示兩岸協議將「談成一項就簽訂一項」，不會受到時程限制，但此一說法卻與實際負責談判的經濟部並不同調。經濟部次長、兩岸經合會台灣首席談判代表卓士昭，29日在兩岸經合會第7次例會結束後表，雖然爭端解決機制談判已有顯著進展，但會等到貨貿協議完成談判之後再一併簽署，不會如預期的「談一項簽一項」。
3日的董監事聯席會議同時通過海基會副董事長周繼祥人事案。原任台大教授的周繼祥十多年前曾任海基會主任秘書，參與上海辜汪會晤等協商，此次回鍋接替請退的前任副董事長馬紹章。
