高雄市長陳菊新書披露黨內鬥爭內幕，被視為「劍指」謝系。談及與陳菊的關係，謝系大老、駐日代表謝長廷向《風傳媒》表示，他與陳菊頗有淵源，依照他在（高雄）市長與陳菊（任社會局長）共事的經驗，沒有什麼不愉快，「這是我的主觀。」
「美麗島事件時就佩服陳菊，更邀陳菊南下擔任社會局長」
謝長廷指出，她與陳菊的淵源，可追溯至美麗島事件辯護，他當時很欽佩陳菊；其次，她出獄後，在台北開了一家「菊之鄉」日式料理，他也常去吃；第三，他與陳菊都是「建黨10人小組」的成員；最後就是，陳菊原任台北市社會局長，在阿扁連任失利後，他也邀請陳菊任高市府的社會局長。
謝長廷說，陳水扁當選總統後，陳菊北上入閣任勞委會主委，他也是祝福，後來他去接任行政院長時，他曾主動入府向阿扁提議陳菊可任內政部長，但必須考量如何安插當時的內政部長蘇嘉全，當時阿扁就請他們自己去協調，但蘇嘉全表示不適合做幕僚工作，不願接行政院秘書長，此事就無後續。
陳菊為泰勞案請辭，謝長廷:力求穩定政局，批示慰留
細數與陳菊的關係，謝長廷直言，他對陳菊沒有什麼「惡感」，或是什麼「斷新潮流之路」，如果有「惡感」，為什麼在阿扁連任台北市長失利之際，找陳菊去當高雄市社會局長？就是因為民進黨都是同事、人才；若是因當時初選未支持陳菊，但後來也南北聯合競選時也彌補了，「我有什麼對不起她？」
不過，陳菊的新書卻影射當年因高捷外勞案請辭勞委會主委是「被下台」，當時是行政院秘書長的現任環保署長李應元放話，李後來又接任勞委會主委。謝長廷則替李抱屈，他當時身為行政院長，處理的原則是「大家不要亂」、「口徑一致」，力求穩住政局，他也批示「慰留」，等調查結果出爐後再議，行政院都有紀錄。
「李應元擔任勞委會主委，是陳水扁的意思」
被問及是否陳菊請辭後是否馬上慰留，謝長廷則指出，陳菊曾口頭詢問「要不要負責」，他就回稱「沒有到這個程度」；孰料陳菊仍遞出辭呈，他就批示「慰留」，因此陳菊召開記者會宣布請辭，「我也嚇一跳」；他並說，當時的人事權大部分都在陳水扁手上，李應元也是扁點名接任勞委會主委的。 （相關報導： 陳致中、陳信瑜雙退「給阿扁面子」？扁親口告訴謝長廷：第二代的事與長扁何干 ｜ 更多文章 ）
至於請辭的消息為何外洩，謝長廷則指出，記者這麼厲害，怎麼可能遞出兩三天後，沒有人知道，況且在院內辭職程序也要走公文，秘書處或事務官都會知道陳菊「請辭」的事情，「太多人知道了。」
