高雄市長陳菊新書披露市長初選之際，黨內鬥爭內幕，指謝系有意「斬斷新潮流後路」。不過，駐日代表謝長廷向《風傳媒》還原事實經過，他表示，代理市長葉菊蘭當時表態絕對不登記初選，陳菊也一度答應以「協調（民調）」方式決定人選，但後來反悔，新系大老吳乃仁在選戰對策會議替陳菊緩頰稱「尚未做決定前，可以說不要」；他推測，應是陳菊知道葉因未繳納公職分攤金被停權，無法登記初選，後期才會堅持初選機制。
蘇貞昌三度起身為陳菊發言?謝長廷:恐怕記憶有誤
至於前行政院蘇貞昌在序文中寫道，他三度在中執會起身發言力挺，堅持依照初選機制走，陳菊才順利擺脫「黨內糾纏」，順利代表民進黨參選高雄市長之說，謝長廷則再度重申，此場景並非事實，恐怕是記憶有誤，進而誤傳。
謝長廷表示，他卸任行政院長一職後，赴美擔任訪問學者，回來已是4月29日晚間，而初選登記時間落在5月1日至5日，「之前那一段（指赴美至回國這段期間），我都不知道」，前行政院長游錫堃勸退陳菊一事，「就跟我就無關。」
「一度支持葉菊蘭，勸退子弟兵管碧玲」
回國掌握黨內初選競爭狀況後，謝長廷表示，他當時認為葉菊蘭為代理市長，參選有其道理、順理成章，加上前總統陳水扁也支持，他亦傾向徵召葉菊蘭；他也向民進黨立委管碧玲直白表示，考量整體黨內佈局，「如果妳（初選）贏了，就給葉菊蘭去選」，否則如果淪為派系競爭，屆時也不好選。
謝長廷也說，依照他當時的印象，是認為陳菊不會選，因為陳菊辭勞委會主委時，就有強調：「辭職不是為了選市長」；他被記者問及此事，也向媒體表示，陳菊不是要參選，而是為了負責（高捷外勞弊案）。
謝長廷表示，坦白講，當時陳菊的爭議最大，除了高捷外勞弊案仍在調查且責任未免，另扯出「有力人士說」，以及高雄產業工會與陳菊對立，再加上陳菊辭職時又說不是為了參選市長等各種綜合因素。
謝長廷：陳菊一度答應協調決定人選，後來卻反悔
謝長廷也透露，陳菊一開始是答應「協調」，他回國的時候是4月29日，初選爭議是發生在5月20日左右的「選戰策略會議」；他當時就在會中質問吳乃仁，由於陳菊原先答應協調，管碧玲才去登記初選，為何後來反悔？吳則緩頰稱「尚未做決定前，可以說不要」，現場也無所謂「幾度起身」的場景，由於他是少數意見，表決輸了後，就確定依照初選機制走。
謝長廷進一步指出，待5月24日塵埃落定後，代表福利國的中執委李俊毅就在中執會發言表示「接受」此結果，程序就是如此，「所以在25日就通通結束了」，管媽後來才會停止初選活動，也形同是「退選」，但陳菊陣營卻說「不能退」，陳也持續街頭造勢，最後第一階段黨員投票、第二階段的民調都是陳菊贏。 （相關報導： 陳致中、陳信瑜雙退「給阿扁面子」？扁親口告訴謝長廷：第二代的事與長扁何干 ｜ 更多文章 ）
對於被陳菊指控謝在中執會反對，謝長廷也澄清說，早在25日就已確定結果了，管媽亦退出初選活動，從登記到確認由陳菊代表民進黨參選高雄市長之間，應有兩次中執會，他當時亦尚未答應參選台北市長，根本沒有討論到此事（高雄市長初選）。
