台北市長柯文哲7日晚間接受網路節目專訪時，直指中央流行疫情指揮中心於2日在環南市場召開記者會「設局」，指揮中心8日於疫情記者會中大動作澄清。指揮官陳時中強調，記者會前就跟柯文哲及副市長黃珊珊通過電話，有共識要一起解決問題，且中央、地方共同承擔。
陳時中強調，疫情發生從頭到尾態度都沒有轉變，無論是市場或是社區疫情都希望能及早控制。指揮中心則說明，因應台北環南市場進行大規模PCR篩檢且41人呈現陽性，顯示有群聚感染疫情，指揮中心於2日11時30分前往環南市場現場召開記者會，並宣布與台北市政府共同成立聯合前進指揮所。
指揮中心說明，當日陳時中於9時45分致電黃珊珊，黃珊珊將電話轉交給柯文哲，陳時中與柯文哲直接通話，雙方對成立聯合前進指揮所達成共識，並在環南市場現場召開記者會。
陳吉仲致電黃珊珊 告知陳時中、王美花及陳吉仲將至環南市場開記者會
當日農委會主委陳吉仲於10時多左右，親自致電2通電話予黃珊珊，並於第2通電話中明確告知黃珊珊，陳時中、經濟部長王美花及陳吉仲將至環南市場召開記者會，並邀請黃珊珊出席，黃珊珊表示柯文哲也會出席。
指揮中心表示，當日均依照指揮中心記者會程序，發布採訪通知；指揮中心幕僚抵達環南市場後，亦與台北市市場處高副處長確認記者會場地、流程及雙方出席人員，同時與現場媒體溝通說明記者會流程，及預定出席人員。
當日11時1分，台北市府陳智菡發言人於台北市府群組發布採訪通知，說明柯文哲、黃珊珊皆會出席記者會；11時20分柯文哲、黃珊珊抵達環南市場；指揮中心強調，為儘快有效控制疫情，召開記者會說明防疫作為及因應措施，以利相關市場攤商、工作人員及周邊住民了解需配合之事項，並無「以開會名義設局召開記者會」一事。
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